園藝學(xué)報(bào)， 2018， 45 (11)： 2209 2216. Acta Horticulturae Sinica doi： 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0297； http： /www. ahs. ac. cn 2209 收稿日期 ： 2018 06 28； 修回日期 ： 2018 11 09 基金項(xiàng)目 ： 廣東省科技計(jì)劃項(xiàng)目（ 2015A020209070） ；廣東省省級(jí)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)推廣體系建設(shè)項(xiàng)目（ 2017LM1079， 2017LM2150，2017LM4163） * 通信作者 Author for correspondence（ E-mail： hezfgdppri.com； Tel： 020-87597476） 侵染廣東辣椒的辣椒脈斑駁病毒的分子特征 湯亞飛1,2，裴 凡1，于 琳1，何自福1,2,*，佘小漫1，藍(lán)國(guó)兵1，鄧銘光1（1廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護(hù)研究所，廣州 510640；2廣東省植物保護(hù)新技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，廣州 510640） 摘 要： 辣椒脈斑駁病毒（ Chilli veinal mottle virus， ChiVMV）是引起廣東辣椒病毒病的主要病原之一， 為了明確侵染為害廣東辣椒的 ChiVMV分子特征， 采用分段 RT-PCR 和 RACE擴(kuò)增方法克隆了 ChiVMV廣東分離物（ ChiVMV-GD）的基因組全序列，結(jié)果表明，除 poly（ A）尾外， ChiVMV-GD 基因組大小為9 721 nt，編碼一個(gè)大小 350.44 kD 多聚蛋白（位于 167 9 436 nt） ， 5非編碼區(qū)（ 5-UTR）和 3非編碼區(qū)（ 3-UTR）分別含有 166 和 285 nt， 5末端結(jié)合病毒基因組連接蛋白（ VPg） ， 3末端含有 poly（ A）尾。 序列同源性分析結(jié)果表明： ChiVMV-GD 與 ChiVMV 其他分離物的基因組序列同源率為 79.1% 96.9%，其中與來(lái)自中國(guó)海南分離物（登錄號(hào)： GQ981316.1）的同源率最高（ 96.9%） 。系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示，ChiVMV-GD 與海南分離物聚集在一個(gè)小分支，說(shuō)明與海南分離物親緣關(guān)系最近。 關(guān)鍵詞： 辣椒；辣椒脈斑駁病毒；廣東分離物；分子特征 中圖分類(lèi)號(hào)： S 641.3 文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A 文章編號(hào)： 0513-353X（ 2018） 11-2209-08 Molecular Characterization of Chilli veinal mottle virus Infecting Pepper in Guangdong Province TANG Yafei1,2， PEI Fan1， YU Lin1， HE Zifu1,2,*， SHE Xiaoman1， LAN Guobing1， and DENG Mingguang1（1Institute of Plant Protection， Guangdong Academy of Agricultural Sciences， Guangzhou 510640， China；2Guangdong Provincial Key Laboratory of High Technology for Plant Protection， Guangzhou 510640， China） Abstract： Chilli veinal mottle virus（ ChiVMV） is one of main pathogen causing pepper virus disease in Guangdong Province， China. To ascertain the molecular characterization of ChiVMV isolate Guangdong（ ChiVMV-GD） ， the whole genome sequence of ChiVMV-GD was cloned by RT-PCR and RACE amplification. In addition to the poly（ A） tail， the length of ChiVMV-GD genome was 9 721 nt and encoded a 350.44 kD polyprotein（ coordinate 167 9 436 nt） . The 5-untranslated region（ 5-UTR） and 3-untranslated region（ 3-UTR） contained 166 and 285 nt， respectively. The 5-end contained a viral genome-linked protein（ VPg） . The 3-end contained a poly（ A） tail. The whole genome sequence of ChiVMV-GD shared 79.1% to 96.9% nucleotide sequence identities with other isolates of ChiVMV deposited in the GenBank database， with the highest nucleotide sequence identities to the isolate Hainan（ GenBank accession number： GQ981316.1） at 96.9%. Phylogenetic analysis of ChiVMV-GD and the other 11 isolates of ChiVMV indicated that it clustered with the Hainan isolate to form a Tang Yafei， Pei Fan， Yu Lin， He Zifu， She Xiaoman， Lan Guobing， Deng Mingguang. Molecular characterization of Chilli veinal mottle virus infecting pepper in Guangdong Province. 2210 Acta Horticulturae Sinica， 2018， 45 (11)： 2209 2216. unique clade. This result showed that ChiVMV-GD had the closest relationship with ChiVMV Hainan isolate. This paper is the first report the molecular characterization of ChiVMV infecting pepper in Guangdong Province， China. Keywords： pepper； Chilli veinal mottle virus； Guangdong isolate； molecular characterization 辣椒脈斑駁病毒（ Chilli veinal mottle virus， ChiVMV）為馬鈴薯 Y 病毒科（ Potyviridae）馬鈴薯 Y 病毒屬 （ Potyvirus） 成員， 具有馬鈴薯 Y 病毒屬成員基因組結(jié)構(gòu)的典型特征， 是一種 （ +） ssRNA病毒，基因組全長(zhǎng)約 10 kb，擁有 1 個(gè)單一的開(kāi)放閱讀框（ ORF） ，編碼 1 個(gè)多聚蛋白， 5端有 1 個(gè)基因組連接蛋白（ VPg） ， 3端為 polyA 結(jié)構(gòu)（ Adams et al.， 2005； Gibbs & Ohshima， 2010） 。 ChiVMV主要依靠蚜蟲(chóng)以非持久方式傳播（ Anindya et al.， 2004； Ng & Falk， 2006） ，也可以通過(guò)病株汁液和機(jī)械接觸等方式傳播，但不能通過(guò)種子傳播，其自然寄主主要是辣椒、番茄等茄科作物。 1979 年， Ong 等首次報(bào)道在馬來(lái)西亞辣椒上發(fā)現(xiàn) ChiVMV（ Ong et al.， 1979） ，目前在韓國(guó)、馬來(lái)西亞、泰國(guó)、印度、巴基斯坦等地均有發(fā)生，嚴(yán)重影響辣椒生產(chǎn)（ Chiemsombat et al.， 1998；Nono-Womdim et al.， 2001； Anindya et al.， 2004； Banerjee et al.， 2014； Ahmad & Ashfaq， 2018） 。在中國(guó)， 1991 年首次在臺(tái)灣辣椒上發(fā)現(xiàn)該病毒（ Green & Kim， 1991） ， 2003 年在海南黃燈籠辣椒上也發(fā)現(xiàn)該病毒（ Wang et al.， 2006） ；目前在海南（ Wang et al.， 2006；龔殿 等， 2011） 、云南（楊華兵 等， 2014） 、湖南（劉健 等， 2016） 、福建（劉健 等， 2016） 、四川（賈樹(shù)丹 等， 2012； Zhao et al.， 2014） 、 陜西 （譚根堂 等， 2003） 、 貴州 （王莉爽 等， 2017） 等地發(fā)現(xiàn)該病毒病。 辣椒受到 ChiVMV侵染后，主要表現(xiàn)為葉脈呈現(xiàn)暗綠條紋，葉緣皺縮，葉片畸形、變小，幼嫩葉片癥狀更為明顯；早期感染會(huì)抑制植株生長(zhǎng)，主莖和分枝上呈現(xiàn)暗綠條紋；最終導(dǎo)致落花、落果，果實(shí)畸形等，嚴(yán)重影響辣椒產(chǎn)量和品質(zhì)（王達(dá)新 等， 2007） 。 關(guān)于 ChiVMV 的分子特征， Anindya 等（ 2004）首次報(bào)道了該病毒基因組全序列 。 目前已有 12個(gè)分離物的基因組序列登錄 GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)，包括來(lái)自中國(guó)海南、四川、湖南的辣椒和云南的煙草6 個(gè)分離物基因組全序列 （ talk.ictvonline.org/ictv-reports） 。近年來(lái)，作者團(tuán)隊(duì)對(duì)廣東省辣椒病毒病進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)田間辣椒部分病株癥狀與已報(bào)道的 ChiVMV 引起的癥狀類(lèi)似，進(jìn)一步應(yīng)用 RT-PCR檢測(cè)發(fā)現(xiàn)該病毒檢出率在 30%以上。 為了明確侵染廣東辣椒的 ChiVMV分離物分子特征， 對(duì) ChiVMV廣東分離物的基因組進(jìn)行了克隆與序列分析。 1 材料與方法 1.1 材料 2015 年 1 月從廣東省茂名市冬種辣椒主產(chǎn)區(qū)采集表現(xiàn)皺縮、花葉、斑駁、褪綠等癥狀的辣椒病樣。經(jīng) RT-PCR 擴(kuò)增與測(cè)序，確定病樣中存在 ChiVMV，然后通過(guò)摩擦接種到能產(chǎn)生枯斑的健康三生煙煙草，分離與純化病樣中的 ChiVMV（圖 1， A） 。將純化后 ChiVMV 接種到健康辣椒植株上繁殖，待已接種匯豐 2 號(hào)辣椒新葉顯癥后（圖 1， B） ，采集發(fā)病葉用于克隆 ChiVMV 廣東分離物（ ChiVMV-GD）基因組全長(zhǎng)序列。 湯亞飛，裴 凡，于 琳，何自福，佘小漫，藍(lán)國(guó)兵，鄧銘光 . 侵染廣東辣椒的辣椒脈斑駁病毒的分子特征 . 園藝學(xué)報(bào)， 2018， 45 (11)： 2209 2216. 2211 圖 1 ChiVMV 廣東分離物接種三生煙煙草（ A）和 匯豐 2 號(hào) 辣椒（ B）的癥狀 Fig. 1 The symptoms of Nicotianan tabacum Samsum （ A） and Huifeng 2 pepper（ B） inoculated with ChiVMV-GD 1.2 基因組全序列克隆策略及引物設(shè)計(jì) 根據(jù)已報(bào)道的 ChiVMV 中國(guó)海南文昌分離物（ GenBank 登錄號(hào)： GQ981316.1）的基因組序列，采用分段 RT-PCR 和 RACE 擴(kuò)增方法克隆 ChiVMV-GD 基因組全序列，克隆策略見(jiàn)圖 2。應(yīng)用 NCBI網(wǎng)站上 Primer-BLAST 工具設(shè)計(jì) 6 對(duì)引物（表 1） ，分別進(jìn)行 RT-PCR 擴(kuò)增，獲得 6 個(gè)目的片段。根據(jù) 3-RACE 試劑盒（大連寶生物 TaKaRa 公司）要求，設(shè)計(jì)擴(kuò)增 3末端的引物 5-GATTACGCCAAG CTTAGCGTACATTGAGAAGCGCA-3，獲得 3末端序列，將 6 個(gè)目的片段及 3-RACE 擴(kuò)增獲得的片段進(jìn)行拼接，獲得 ChiVMV-GD 的基因組全序列。引物由生工生物工程（上海）股份有限公司合成。 圖 2 ChiVMV-GD 基因組全序列克隆策略 Fig. 2 The cloning strategy of whole genome sequence of ChiVMV-GD 表 1 擴(kuò)增 ChiVMV-GD 基因組序列的引物 Table 1 Primers used to amplify the whole genome of ChiVMV-GD 片段 Fragment 引物名稱 Primer 序列 Sequence 位置 Location 片段大小 /bp Fragment size 5末端 5 end 1-F/1-R AATACAAACATACAGAAAACAAACG/ CGACCTTTCCATGCATGTTGTG 1 25/858 879 879 2 2-F/2-R GACTTTCCAGTATGCGCC/AAATTGATTCTGCCCTGTTG 400 417/2680 2699 2 299 3 3-F/3-R ACCGACCTTGTTGAATGAAT/CAATGAGTGGATTGCTGGAT 2557 2576/4941 4960 2 403 4 4-F/4-R AATAGCAAATGAAGCAGCCT/CAATTCAAATGCGAGTGTGT 4768 4787/7266 7285 2 517 5 5-F/5-R GGCCCGTGTCCATTATTCCA/TGGTGGGAACCACACTGAAG 7106 7125/9512 9531 2 425 6 6-F/6-R ATCATGGCACACTTTAGCAA/GAACAATTTATCGACCCACAG 9104 9123/9685 9705 601 Tang Yafei， Pei Fan， Yu Lin， He Zifu， She Xiaoman， Lan Guobing， Deng Mingguang. Molecular characterization of Chilli veinal mottle virus infecting pepper in Guangdong Province. 2212 Acta Horticulturae Sinica， 2018， 45 (11)： 2209 2216. 1.3 RT-PCR 擴(kuò)增 取接種發(fā)病的辣椒病葉 100 mg，用植物 RNA 提取試劑盒（ Easy Pure Plant RNA Kit）抽提其總 RNA。 RNA 沉淀溶解于 40 L DEPC 處理的 ddH2O 中。 取 5 L 上述總 RNA 作為模板，用隨機(jī)引物（大連 TaKaRa 公司）逆轉(zhuǎn)錄合成 cDNA，反應(yīng)體系和具體方法按照試劑盒說(shuō)明書(shū)操作。 利用所設(shè)計(jì)的 ChiVMV-GD 全基因組的 6 對(duì)引物分別進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增。 PCR 反應(yīng)體系 50 L，含有上述反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物 1 L， LA Taq PCR MIXER（大連 TaKaRa 公司） 25 L， 10 mol L-1的上、下游引物各 2 L，滅菌水 20 L。反應(yīng)程序?yàn)?94 4 min； 94 30 s， 52 30 s， 72 3 min， 35個(gè)循環(huán)； 72 10 min。 應(yīng)用 SMARTerRACE Kit（大連 TaKaRa 公司） 試劑盒直接擴(kuò)增 ChiVMV-GD 3末端序列。 PCR 產(chǎn)物在 1%的瓊脂糖凝膠上電泳檢測(cè)。 1.4 基因克隆與序列分析 應(yīng)用瓊脂糖凝膠回收試劑盒（ Thermo 公司）回收 PCR 產(chǎn)物，純化后克隆到 pMD20-T 載體，并轉(zhuǎn)化大腸桿菌菌株 DH5，每個(gè)平板隨機(jī)挑取 3 個(gè)陽(yáng)性克隆送生工生物工程（上海）股份有限公司測(cè)序。利用 DNAStar 軟件（ DNASTAR Inc， Madison， USA）的 SeqMan 對(duì)所獲得的基因序列進(jìn)行拼接，利用 BLAST 程序進(jìn)行序列相似性搜索，進(jìn)一步用 DNAStar 的 MegAlign 進(jìn)行序列比較分析，ORF 預(yù)測(cè)使用 NCBI 網(wǎng)站的 ORF Finder，采用 MEGA 5.05 的鄰接法（ neighbor joining， NJ）構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)。 2 結(jié)果與分析 2.1 ChiVMV-GD 基因組全序列及其結(jié)構(gòu)特征 通過(guò)對(duì)分段克隆和測(cè)序結(jié)果進(jìn)行拼接，獲得了 ChiVMV-GD 基因組全序列。除 poly（ A）尾外，ChiVMV-GD（ GenBank 登錄號(hào)： KU987835）基因組序列長(zhǎng)為 9 721 nt，包含長(zhǎng)為 9 270 nt 的單一開(kāi)放閱讀框（ ORF） ，編碼 1 個(gè)長(zhǎng)度為 3 089 個(gè)氨基酸的多聚蛋白，推測(cè)分子量為 350.44 kD。該多聚蛋白會(huì)被水解成 Pl、 HC-Pro、 P3、 6K1、 CI、 6K2、 Nla-Vpg、 NIa-pro、 NIb 和 CP 等 10 個(gè)成熟的蛋白質(zhì)（ Anindya et al.， 2004） 。 5非編碼區(qū)（ 5-UTR） 和 3非編碼區(qū)（ 3-UTR） 分別長(zhǎng) 166 和 285 nt， 5末端共價(jià)結(jié)合 VPg，3末端含有 poly（ A）尾。 5-UTR 中含有兩種功能意義尚未確定的序列， 1 個(gè)起始于第 14 位核苷酸大小為 10 nt 的 potybox-a（ AGAAAACAAAC） ，以及 2 個(gè)分別起始于第 29 位和 37 位核苷酸的大小為 7 nt 的 potybox-b（ TCAAGCA） ；此外，還含有 9 個(gè) CAA 重復(fù)序列。 3-UTR 中含有 6 個(gè) ATAT重復(fù)序列。 2.2 ChiVMV-GD 基因組序列同源性分析結(jié)果 ChiVMV-GD 與 GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中登錄的 ChiVMV 的 12 個(gè)分離物基因組全長(zhǎng)進(jìn)行同源性比較，結(jié)果表明（表 2） ， ChiVMV-GD 與 12 個(gè)分離物的同源率為 79.1% 96.9%，其中與來(lái)自中國(guó)海南分離物的同源率最高，達(dá)到 96.9%，與來(lái)自韓國(guó)兩個(gè)分離物的同源率為 94.1%和 94.3%，與來(lái)自印度的分離物的同源率為 85.3% 86.1%，與來(lái)自中國(guó)湖南、四川和云南分離物的同源率為 79.1% 湯亞飛，裴 凡，于 琳，何自福，佘小漫，藍(lán)國(guó)兵，鄧銘光 . 侵染廣東辣椒的辣椒脈斑駁病毒的分子特征 . 園藝學(xué)報(bào)， 2018， 45 (11)： 2209 2216. 2213 94.2%。 系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示， ChiVMV-GD 與海南分離物聚集在一個(gè)小分支，進(jìn)一步與中國(guó)湖南以及韓國(guó) 5 個(gè)分離物聚集在一個(gè)大分支上，說(shuō)明廣東分離物與海南分離物親緣關(guān)系最近（圖 3） 。 表 2 ChiVMV-GD 與其他 12 個(gè)分離物基因組結(jié)構(gòu)及序列同源性比較分析 Table 2 Genomic structure and sequence identity comparison of ChiVMV-GD with 12 other isolates 登錄號(hào) GenBank accession 來(lái)源 Source 全長(zhǎng)大小 /nt Size of the sequenceCDS 位置 CDS location 全長(zhǎng) /% The full sequence 5URT/% 3URT/% GQ981316.1 中國(guó)海南 Hainan， China 9 717 164 9433 96.9 94.4 96.5 AM909717.1 韓國(guó) Korea 9 710 163 9426 94.3 93.8 98.9 KR296797.1 中國(guó)湖南 Hunan， China 9 710 164 9427 94.2 95.1 98.9 LN832362.1 中國(guó)湖南 Hunan， China 9 715 163 9432 94.1 95.0 98.9 AJ972878.1 韓國(guó) Korea 9 708 164 9427 94.1 94.4 97.8 AJ237843.3 印度 India 9 711 164 9430 86.1 82.7 89.2 NC005778.1 印度 India 9 711 164 9430 86.1 82.7 89.2 GU170807.1 印度 India 9 705 164 9424 85.7 81.5 91.0 GU170808.1 印度 India 9 702 164 9421 85.3 82.1 91.0 KC711056.1 中國(guó)四川 Sichuan， China 9 741 169 9438 81.9 57.0 90.2 KC711055.1 中國(guó)四川 Sichuan， China 9 741 170 9439 81.7 55.4 90.1 JX088636.1 中國(guó)云南 Yunnan， China 9 739 169 9438 79.1 56.7 89.8 圖 3 辣椒脈斑駁病毒廣東分離物（ *）與其他 12 個(gè)分離物系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù) Fig. 3 The phylogenetic tree of the Guangdong isolate（ *） and other 12 isolates of ChiVMV 2.3 ChiVMV-GD 多聚蛋白的基因同源性分析 ChiVMV-GD 編碼的多聚蛋白及被水解成的 10 個(gè)蛋白與已報(bào)道的 12 個(gè)分離物相關(guān)蛋白同源性比較分析結(jié)果（表 3，表 4）顯示，在核苷酸水平和氨基酸水平上， ChiVMV-GD 的多聚蛋白與海南分離物（ GQ981316.1）同源率最高，分別為 96.9%和 98.5%；除 NIa-Vpg 和 CP 外，其他蛋白的編碼基因與海南分離物同源性最高；在氨基酸水平，除 6K1 和 CP 外，其他蛋白與海南分離物同源性最高。 Tang Yafei， Pei Fan， Yu Lin， He Zifu， She Xiaoman， Lan Guobing， Deng Mingguang. Molecular characterization of Chilli veinal mottle virus infecting pepper in Guangdong Province. 2214 Acta Horticulturae Sinica， 2018， 45 (11)： 2209 2216. 表 3 ChiVMV-GD 的多聚蛋白及 10 個(gè)蛋白與其他 12 個(gè)分離物的核苷酸同源性分析 Table 3 The nucleotide sequence identities of polyprotein and 10 proteins between ChiVMV-GD and other 12 isolates % 登錄號(hào) GenBank accession 來(lái)源 Source 多聚蛋白 Poly- protein P1 HC- Pro P3 6K1 CI 6K2 NIa- Vpg NIa- Pro NIb CP GQ981316.1 中國(guó)海南 Hainan， China 96.9 95.8 97.4 97.4 96.3 96.8 96.1 96.2 97.4 97.6 95.9 LN832362.1 中國(guó)湖南 Hunan， China 93.9 88.9 94.6 92.9 91.4 94.1 92.8 96.9 94.5 93.9 97.2 KR296797.1 中國(guó)湖南 Hunan， China 94.0 89.2 94.0 93.2 91.4 94.4 92.2 97.0 94.5 94.0 97.1 AM909717.1 韓國(guó) Korea 94.1 88.8 94.6 93.7 90.7 94.3 92.2 96.5 95.2 94.5 97.7 AJ972878.1 韓國(guó) Korea 93.9 88.9 94.5 93.8 90.7 94.3 92.2 96.3 94.6 93.7 97.6 AJ237843.3 印度 India 86.1 76.9 88.9 88.3 90.1 89.0 80.4 83.6 85.0 83.2 90.0 NC005778.1 印度 India 86.0 76.9 88.9 88.3 90.1 89.0 80.4 83.6 85.0 83.2 90.0 GU170807.1 印度 India 85.5 83.0 84.9 83.2 82.1 83.6 80.4 86.0 87.2 88.5 91.3 GU170808.1 印度 India 85.2 82.9 85.4 82.2 81.5 82.9 80.4 83.2 86.2 89.3 90.8 KC711055.1 中國(guó)四川 Sichuan， China 82.2 64.4 81.8 82.6 81.5 82.8 81.7 85.0 87.1 85.2 86.5 KC711056.1 中國(guó)四川 Sichuan， China 82.3 65.0 82.1 82.2 82.7 83.1 82.4 85.2 87.1 84.8 86.3 JX088636.1 中國(guó)云南 Yunnan， China 79.4 65.9 80.5 76.7 80.9 81.0 73.2 83.2 79.6 80.7 85.5 表 4 ChiVMV-GD 的多聚蛋白及 10 個(gè)蛋白與其他 12 個(gè)分離物的氨基酸同源性分析 Table 4 The amino acid sequence identities of polyprotein and 10 proteins between ChiVMV-GD and other 12 isolates % 登錄號(hào) GenBank accession 來(lái)源 Source 多聚蛋白Poly- protein P1 HC- Pro P3 6K1 CI 6K2 NIa- Vpg NIa- Pro NIb CP GQ981316.1 中國(guó)海南 Hainan， China 98.5 95.3 99.6 98.0 94.4 98.9 98.0 100.0 99.2 99.2 98.3LN832362.1 中國(guó)湖南 Hunan， China 96.9 88.7 99.3 93.6 100.0 98.3 96.1 99.5 98.3 97.9 98.6KR296797.1 中國(guó)湖南 Hunan， China 96.4 89.3 98.0 94.2 100.0 96.1 96.1 99.5 98.3 97.3 98.3AM909717.1 韓國(guó) Korea 95.0 88.0 98.5 95.1 100.0 90.6 96.1 98.4 97.9 96.7 97.9AJ972878.1 韓國(guó) Korea 94.7 88.0 98.5 95.3 100.0 90.8 96.1 97.9 97.5 94.6 97.9AJ237843.3 印度 India 90.3 75.0 95.6 91.9 100.0 87.2 90.2 93.2 95.5 90.0 95.5NC005778.1 印度 India 90.3 75.0 95.6 91.9 100.0 87.2 90.2 93.2 95.5 90.0 95.5GU170807.1 印度 India 89.9 81.7 92.3 79.9 96.3 88.5 90.2 86.8 96.7 94.4 96.9GU170808.1 印度 India 89.4 80.3 93.2 78.5 96.3 86.9 88.2 87.9 94.2 95.4 96.5KC711055.1 中國(guó)四川 Sichuan， China 88.7 59.7 92.6 80.8 96.3 93.0 92.2 92.7 95.9 94.6 91.3KC711056.1 中國(guó)四川 Sichuan， China 88.6 60.0 92.8 80.2 96.3 93.0 92.2 92.7 95.9 94.0 91.3JX088636.1 中國(guó)云南 Yunnan， China 86.8 62.0 92.1 74.4 94.4 92.2 88.2 91.6 89.3 91.9 90.93 討論 本研究中采用分段克隆法和 RACE 擴(kuò)增法獲得了侵染廣東辣椒的 ChiVMV 基因組全序列，該序列為 9 721 nt，包含 1 個(gè)長(zhǎng) 9 270 nt 的單一開(kāi)放閱讀框，編碼 1 個(gè)長(zhǎng)度為 3 089 aa 的多聚蛋白，具有馬鈴薯 Y 病毒屬病毒的典型結(jié)構(gòu)特點(diǎn)。 該分離物與 ChiVMV 中國(guó)海南分離物基因組全序列和編碼的多聚蛋白的同源率最高，分別為 96.9%和 98.5%； ChiVMV-GD 與中國(guó)海南分離物親緣關(guān)系最近，而與云南和四川分離物親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。 賈樹(shù)丹等（ 2012）報(bào)道 ChiVMV 四川分離物的 CP 基因與中國(guó)各地分離物的同源性為 85.4 86.2%； 劉健等 （ 2016） 報(bào)道 ChiVMV 福建和湖南分離物的 CP 基因與韓國(guó)分離物同源性最高 （ 97%） ，發(fā)現(xiàn)中國(guó)辣椒上的 ChiVMV 具有遺傳分化的趨勢(shì)；王莉爽等（ 2017）報(bào)道 ChiVMV 貴州分離物的部分 CP 基因和 3-UTR 序列與中國(guó)各地分離物的同源性大于 90%。本研究中發(fā)現(xiàn) ChiVMV-GD 的湯亞飛，裴 凡，于 琳，何自福，佘小漫，藍(lán)國(guó)兵，鄧銘光 . 侵染廣東辣椒的辣椒脈斑駁病毒的分子特征 . 園藝學(xué)報(bào)， 2018， 45 (11)： 2209 2216. 2215 CP 基因與韓國(guó)分離物的同源性最高， 為 97.7%， 與中國(guó)湖南和海南分離物的同源性為 95.9% 97.2%，而與中國(guó)四川和云南兩省的 3 個(gè)分離物同源性僅為 85.5% 86.5%，說(shuō)明為害中國(guó)辣椒的 ChiVMV存在遺傳分化現(xiàn)象，具有一定的地理差異。 ChiVMV-GD 與中國(guó)海南、湖南及韓國(guó)分離物同源性高，與劉健等（ 2016）發(fā)現(xiàn)為害 湖南和福建辣椒 ChiVMV 與韓國(guó)和海南分離物親緣關(guān)系近的結(jié)果一致， 由此推測(cè)， ChiVMV-GD 與海南、湖南及韓國(guó)分離物的起源可能相同。 自 20 世紀(jì) 70 年代末首次發(fā)現(xiàn) ChiVMV 以來(lái)（ Ong et al.， 1979） ，該病毒已在多個(gè)國(guó)家和地區(qū)發(fā)生，成為影響各地辣椒生產(chǎn)的重要限制因子。 2013 年以來(lái)，作者研究發(fā)現(xiàn)， ChiVMV 在廣東辣椒疑似病毒病的樣品中檢出率在 30%以上，說(shuō)明該病毒已成為為害廣東辣椒的主要病毒之一?？梢?jiàn)，該病毒在中國(guó)的為害范圍正在進(jìn)一步的擴(kuò)大。 辣椒是廣東省重要的蔬菜作物，年種植面積約 10 萬(wàn) hm2，病毒病是為害廣東辣椒的主要病害之一，每年均造成不同程度損失。本文對(duì)為害廣東辣椒的主要病毒 ChiVMV 的分子特征進(jìn)行研究和分析，為廣東辣椒病毒病的科學(xué)防控提供理論依據(jù)。 References Adams M J， Antoniw J F， Fauquet C M. 2005. 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