西瓜miR164b靶基因鑒定及其對黃瓜綠斑駁花葉病毒侵染應(yīng)答的分析.pdf
<p>園藝學(xué)報， 2018， 45 (3)： 482 492. Acta Horticulturae Sinica 482 doi： 10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0369； http： /www. ahs. ac. cn 收稿日期 ： 2017 11 02； 修回日期 ： 2018 01 08 基金項目 ： 中國博士后科學(xué)基金項目（ 2016M601973） ；浙江省自然科學(xué)基金項目（ LQ18C150002） ；國家自然科學(xué)基金項目（ 31572145） ；浙江省蔬菜新品種選育重大科技專項子課題（ 2016C02051-4-2） ；浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院青年人才培養(yǎng)項目（ 2017R23R08E01） * 通信作者 Author for correspondence（ E-mail： fanminfmsina.com） 西瓜 miR164b 靶基因鑒定及其對黃瓜綠斑駁花葉病毒侵染應(yīng)答的分析 孫玉燕，何艷軍，牛曉偉，崔 狄，范 敏*（浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜研究所，杭州 310021） 摘 要： 將 miR164b 序列與西瓜基因組進行比對，獲得 miR164b 前體 Pre-miR164b 基因并克隆。Pre-miR164b 長度為 97 bp，含有完整的莖環(huán)結(jié)構(gòu)。 Pre-miR164b 啟動子區(qū)含有光響應(yīng)元件、赤霉素響應(yīng)元件、乙烯響應(yīng)元件、水楊酸響應(yīng)元件、真菌誘導(dǎo)響應(yīng)元件等多個順式作用元件。降解組測序獲得miR164b 的 4 個靶基因，均注釋為 NAC 轉(zhuǎn)錄因子基因，剪切位點位于 miR164b 序列 5 端第 10 位堿基。miR164b 及靶基因在黃瓜綠斑駁花葉病毒（ CGMMV）侵染不同時間的表達模式不同，靶基因 Cla018596的表達模式與 miR164b 呈負相關(guān)，而 Cla019099、 Cla023219 和 Cla023357 的表達模式與 miR164b 沒有相關(guān)性。 關(guān)鍵詞： 西瓜； miR164； NAC；降解組測序；表達模式 中圖分類號： S 651 文獻標志碼： A 文章編號： 0513-353X（ 2018） 03-0482-11 Identification of the Targets of miR164b and Their Response to Cucumber green mottle mosaic virus Infection in Watermelon SUN Yuyan， HE Yanjun， NIU Xiaowei， CUI Di， and FAN Min*（ Institute of Vegetables， Zhejiang Academy of Agricultural Sciences， Hangzhou 310021， China） Abstract： The precursor gene of miR164b， Pre-miR164b， was obtained through blast of miR164b and the watermelon genome. Pre-miR164b， with a length of 97 bp， was able to form the stem-loop structure. The promoter of Pre-miR164b contains several cis-acting regulatory elements， such as light responsive element， gibberellin responsive element， ethylene responsive element， salicylic acid responsive element，and fungal elicitor responsive element. Four target genes of miR164b， annotated as NAC transcription factor， were predicted and the cleavage site was located at the 10th of miR164b at the 5 end. Expression patterns of miR164b and NAC were different during the process of Cucumber green mottle mosaic virus（ CGMMV） infection. Expression of Cla018596 was negatively correlated with miR164b. However， the expression of Cla019099， Cla023219 and Cla023357 was not correlated with miR164b. Keywords： watermelon； miR164； NAC； degradome sequencing； expression pattern 孫玉燕，何艷軍，牛曉偉，崔 狄，范 敏 . 西瓜 miR164b 靶基因鑒定及其對黃瓜綠斑駁花葉病毒侵染應(yīng)答分析 . 園藝學(xué)報， 2018， 45 (3)： 482 492. 483 miRNA 是長度為 19 25 nt 調(diào)控基因表達的內(nèi)源小 RNA， 2002 年首次在植物中發(fā)現(xiàn) （ Reinhart et al.， 2002） 。成熟 miRNA 的形成涉及多個生物過程，需要多個進化保守蛋白家族的參與（ Rogers & Chen， 2013）。植物 miRNA 的主要作用機制是其介導(dǎo)的靶基因切割。大多數(shù)植物 miRNA 能夠?qū)⑴c其完全互補或接近完全互補的靶基因序列進行切割，試驗證明這類切割精確地發(fā)生在 miRNA 配對堿基的第 10 或 11 位（ Llave， 2004）。 miRNA 在植物生長發(fā)育和抗逆應(yīng)答中起著重要作用。逆境條件下， 植物通過調(diào)控 miRNA 的表達， 作用于相應(yīng)的靶基因來提高植物對脅迫的抗性 （ Khraiwesh et al.， 2012）。 miR164 是植物中較為保守的一類 miRNA 家族。近年來，關(guān)于 miR164 調(diào)控植物對病毒脅迫應(yīng)答的研究取得了一定進展。受煙草花葉病毒（ Tobacco mosaic virus， TMV）的侵染，煙草中 miR164的表達被誘導(dǎo) （ Bazzini et al.， 2007） 。 miR164 在蕪菁黃化花葉病毒 （ Turnip yellow mosaic virus， TYMV）侵染后表達被誘導(dǎo)，在轉(zhuǎn)病毒沉默抑制蛋白基因 P1/HC-Pro 的擬南芥植株中， miR164 的表達同樣被誘導(dǎo)（ Kasschau et al.， 2003） 。 miR164 主要調(diào)控 NAC 轉(zhuǎn)錄因子（ NAM、 ATAF1/2 和 CUC2）的表達（ Nikovics et al.， 2006；Phookaew et al.， 2014； Zhu et al.， 2015） 。在擬南芥中， miR164 靶向 5 個編碼 NAC 結(jié)構(gòu)域的基因NAC1、 CUC1、 CUC2、 At5g07680 和 At5g61430（ Mallory et al.， 2004） 。擬南芥 miR164 通過介導(dǎo)NAC1 mRNA 的切割調(diào)控生長素信號，進而促進側(cè)根的形成（ Xie et al.， 2000； Guo et al.， 2005） ；miR164 通過調(diào)控 CUC1 和 CUC2 的表達影響擬南芥分生組織的發(fā)育和氣生器官的分離 （ Laufs et al.，2004； Baker et al.， 2005） 。此外， miR164 與 NAC 結(jié)合還可調(diào)控植物胚胎和花的形成（ Larue et al.，2009） 、衰老（ Kim et al.， 2009） 、協(xié)助 mRNA 在韌皮部運輸（ Kehr & Buhtz， 2007）等。 除調(diào)控植物生長發(fā)育外， miR164 及靶基因 NAC 參與植物對脅迫的應(yīng)答。擬南芥中， TMV 和油菜花葉病毒 （ Oilseed rape mosaic virus， ORMV） 侵染可提高 miR164a 啟動子的轉(zhuǎn)錄活性 （ Bazzini et al.， 2009） 。 馬鈴薯 StNAC 和擬南芥 ATAF1、 ATAF2 的表達在病原菌侵染和受傷后被誘導(dǎo) （ Collinge & Boller， 2001） 。雙生病毒 DNA 復(fù)制蛋白 RepA 與兩個 NAC 蛋白 GRAB1 和 GRAB2 互作（ Xie et al.， 1999） 。 在油菜中， NAC 在蟲害、 核盤菌侵染、 冷害和干旱等脅迫后呈現(xiàn)差異表達， 其中 BnNAC14與 BnNAC85 相互作用（ Hegedus et al.， 2003） 。 本課題組前期通過對黃瓜綠斑駁花葉病毒（ Cucumber green mottle mosaic virus， CGMMV）侵染前后的西瓜自交系材料 JJZ-M進行 miRNA 高通量測序，發(fā)現(xiàn) miR164b 在病毒侵染后呈現(xiàn)抑制表達（ Sun et al.， 2017） 。本研究中從 JJZ-M中分離并克隆 miR164b 的前體基因，分析其啟動子區(qū)的順式作用元件，同時對 miR164b 的靶基因及其剪切位點進行鑒定，對不同接種時間的表達模式進行分析，為進一步了解 miR164b 及靶基因?qū)?CGMMV 脅迫應(yīng)答的分子機制奠定基礎(chǔ)。 1 材料與方法 1.1 植物材料 試驗材料為西瓜（ Citrullus lanatus）高代自交系 JJZ-M 。 2017 年 3 月播種于浙江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院玻璃溫室，溫度控制在 25 。取發(fā)病葉片和磷酸鹽緩沖液（ PBS， pH 7.2）按 1 5 的比例混合，研磨成糊狀病毒汁液。取兩片真葉期待接種的植株，在葉面散上金剛砂，蘸取少量病毒汁液輕輕摩擦葉面 2 3 次，清水沖去多余的金剛砂。分別于接種后 0、 1、 6、 18、 24 和 48 h 取樣， 3 株混成 1個樣品重復(fù)， 3 次生物學(xué)重復(fù)。 RNAiso 試劑（ TaKaRa）提取總 RNA 備用。 Sun Yuyan， He Yanjun， Niu Xiaowei， Cui Di， Fan Min. Identification of the targets of miR164b and their response to Cucumber green mottle mosaic virus infection in watermelon. 484 Acta Horticulturae Sinica， 2018， 45 (3)： 482 492. 1.2 miR164b 前體基因預(yù)測及分子克隆 根據(jù)課題組前期 miRNA 高通量測序結(jié)果， miR164b（ TGGAGAAGCAGGGCACGTGC）在CGMMV 侵染西瓜葉片后呈現(xiàn)抑制表達（ Sun et al.， 2017）。利 用 Blastn（ E-value = 1e-2）將 miR164b序列與西瓜基因組數(shù)據(jù) （ http： /www.icugi.org/cgi-bin/ICuGI/genome /index.cgi?organism=watermelon）進行比對，獲得與 miR164b 成熟序列完全匹配的基因組序列。截取 miR164b 兩端 150 nt 的核苷酸序列，采用 RNA Structure 3.2 軟件進行分析，若其存在完整的莖環(huán)結(jié)構(gòu)且成熟序列完全位于 5端，則預(yù)測該莖環(huán)結(jié)構(gòu)對應(yīng)的核苷酸序列為 miR164b 的前體 Pre-miR164b。 根據(jù) pre-miR164b 莖環(huán)結(jié)構(gòu)的基因組序列，設(shè)計特異性引物進行 PCR 擴增。 PCR 反應(yīng)體系為20 L，包 含 2 L 10× PCR 緩沖液（ Mg2+Plus）、 1.5 L dNTPs 混合液（ 2.5 mmol · L-1）、 0.5 L rTaq（ 5 U · L-1）、上游和下游引物（ 10 mol · L-1）各 0.5 L、 2 L DNA、 13.0 L ddH2O。 PCR 反應(yīng)程序為： 94 預(yù)變性 4 min； 94 變性 30 s， 55 退火 30 s， 72 延伸 1 min， 33 個循環(huán)； 72 延伸 8 min。 PCR 產(chǎn)物經(jīng) 1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測后回收，與 pEASY-T1 載體連接進行 T/A 克隆，熱擊法轉(zhuǎn)化 Trans1-T1 大腸桿菌感受態(tài)細胞，菌落 PCR 篩選陽性克隆，過夜搖菌，測序。 1.3 miR164b 前體基因序列比對和啟動子區(qū)順式作用元件分析 將 miR164b 前體與 miRbase 21.0 中其他物種 miRNA 的前體序列進行 blast 比對， 并利用 MEGA 5.1 軟件 Neighbor-Joining（測試方法選用 Bootstrap，重復(fù)次數(shù)設(shè)為 2 000）構(gòu)建 miR164b 前體與其他物種 miR164 前體的進化樹。 分離 miR164b 前體上游 1 500 bp 的序列，利用 PlantCARE（ http： /bioinformatics.psb.ugent.be/ webtools/plantcare/html/）軟件對其所包含的順式作用元件進行預(yù)測和分析（ Lescot et al.， 2002）。 1.4 降解組文庫構(gòu)建、測序及數(shù)據(jù)分析 采集對照和 CGMMV 侵染 48 h 的西瓜葉片，分別提取總 RNA，等量混合。磁珠捕獲 mRNA，3和 5接頭連接；生物?；S機引物與 mRNA 混合反轉(zhuǎn)錄； PCR 擴增，完成整個文庫制備。構(gòu)建好的文庫用 Hiseq 2500 測序平臺（ Illumina， USA）進行測序，測序讀長為單端 50 bp。 測序獲得的原始數(shù)據(jù)通過數(shù)據(jù)處理得到可用于后續(xù)分析的可比對測序序列。將可比對序列與西瓜的 cDNA 數(shù)據(jù)庫序列比對生成降解組密度文件。通過 Target finder 靶基因預(yù)測軟件預(yù)測出與西瓜miRNA 序列配對的靶基因 mRNA 序列。 將預(yù)測的 miRNA 對應(yīng)的靶基因和生成降解組密度文件中的mRNA 進行結(jié)合運算，找出共同具有的 mRNA，該 mRNA 即為 miRNA 的靶基因。給出降解組的峰值分類和分值，對產(chǎn)生的預(yù)測結(jié)果進行 t-plots 作圖。 1.5 miR164b 及其靶基因的表達分析 利用 poly（ T） 加尾 RT-PCR（ Shi & Chiang， 2005）分析 miR164b 的表達。將約 2 g 總 RNA 利用 TransScript Green miRNA Two-Step qRT-PCR SuperMix 試劑盒（全式金）進行 Poly（ A） 加尾，然后利用含有 oligo-dT 的通用接頭引物（表 1）將帶有 Poly（ A） 尾巴的 miRNA 反轉(zhuǎn)錄成 cDNA，以U6 snRNA 作為內(nèi)參。 靶基因的表達分析： 利用 Trans Script One-Step gDNA Removal and cDNA Synthesis SuperMix（全式金）將總 RNA 反轉(zhuǎn)錄成 cDNA，以 -actin 作為內(nèi)參基因。 qRT-PCR 使用 TransStart Top Green qPCR Supermix 試劑盒（全式金） 。 qRT-PCR 在 StepOne Plus Real-Time PCR System（ ABI）中完成。反應(yīng)程序為： 95 預(yù)變性 30 s， 95 變性 5 s， 55 退火 15 s， 72 延伸 10 s， 40 次循環(huán)。3 次生物學(xué)重復(fù)。試驗結(jié)果采用 2-CT法計算基因相對表達量（ Livak & Schmittgen， 2001） 。 孫玉燕，何艷軍，牛曉偉，崔 狄，范 敏 . 西瓜 miR164b 靶基因鑒定及其對黃瓜綠斑駁花葉病毒侵染應(yīng)答分析 . 園藝學(xué)報， 2018， 45 (3)： 482 492. 485 表 1 所用引物及序列 Table 1 Primers and sequences used in this study 用途 Usage 引物名稱 Primer name 正向序列（ 5 3） Forward sequence 反向序列（ 5 3） Reverse sequence 前體基因克隆 Precursor gene cloning Pre-miR164b AGAGAGGCATGTTGGAG CGAGAGAATCCTGCTGGAG 內(nèi)參基因 Reference gene U6 GGGGACATCCGATAAAATT TGTGCGTGTCATCCTTGC -actin CCATGTATGTTGCCATCCAG GGATAGCATGGGGTAGAGCA qRT-PCR qPCR-miR164b TTCCTTTGGAGAAGCAGGGCACGTGC GTGCAGGGTCCGAGGT qPCR-Cla018596 AGTTCACATTTCTGGGTTAGT TTTGGGTAAGGTTCTTTGAGT qPCR-Cla023219 TCGTCGCCTCGTCATCGT AGGGCACTTGCTCATACTCATTqPCR-Cla023357 TGGTAGAGCCATTGCTGAAGT GCTCGGTTCGTTCGCAGA qPCR-Cla019099 TGGCTTCTTCTTACAATACTTC GGTCTGATTTGGCGGTGA 2 結(jié)果與分析 2.1 miR164b 前體基因預(yù)測及克隆 將 miR164b成熟序列與西瓜基因組數(shù)據(jù)庫進行 Blastn 序列比對， 獲得與 miR164b 序列完全匹配的 4 條基因組序列， Chr3： 28186483. 28186464、Chr4： 18094484.1809446、 Chr9： 4409186.44091675和 Chr10： 28130986.8131005。其中 Chr3 ：28186483.28186464 及其上、下游序列能夠形成完整莖環(huán)結(jié)構(gòu)且符合植物 miRNA 的前體特征。 以西瓜基因組 DNA 為模板對 miR164b 的前體基因進行 PCR 擴增（圖 1）。 回收片段進行克隆測序分析， miR164b 的前體長度為 97 bp，能形成穩(wěn)定的莖環(huán)結(jié)構(gòu)，推測這個莖環(huán)結(jié)構(gòu)對應(yīng)的核苷酸序列為 miR164b的前體Pre-miR164b（圖 2）。 圖 1 Pre-miR164b PCR 擴增 Fig. 1 PCR amplification of Pre-miR164b 圖 2 Pre-miR164b 形成的莖環(huán)結(jié)構(gòu) Fig. 2 Stem-loop structure of Pre-miR164b Sun Yuyan， He Yanjun， Niu Xiaowei， Cui Di， Fan Min. Identification of the targets of miR164b and their response to Cucumber green mottle mosaic virus infection in watermelon. 486 Acta Horticulturae Sinica， 2018， 45 (3)： 482 492. 2.2 miR164b 前體基因序列比對及系統(tǒng)進化分析 將 Pre-miR164b 與 miRbase 21.0 中 miRNA 的前體基因序列進行 blast 比對，發(fā)現(xiàn) Pre-miR164b序列含有兩個保守區(qū)域，分別為成熟 miR164b 序列及其反向互補序列（圖 3） 。 圖 3 Pre-miR164b 與其他物種序列比對 mes：木薯； ppe：桃； cln：杉木； gma：大豆； cme：甜瓜； vun：豇豆； rco：蓖麻； bdi：二穗短柄草； ath：擬南芥； sbi：高粱； bra：大白菜； mdm：蘋果； vvi：葡萄； ghr：棉花； bna：油菜； tcc：可可； ptc：楊樹； cpa：木瓜； lus：亞麻。 Fig. 3 Sequence alignment analysis of Pre-miR164b in watermelon and other species mes： Manihot esculenta； ppe： Prunus persica； cln： Cunninghamia lanceolata； gma： Glycine max； cme： Cucumis melo； vun： Vigna unguiculata；rco： Ricinus communis； bdi： Brachypodium distachyon； ath： Arabidopsis thaliana； sbi： Sorghum bicolor； bra： Brassica rapa； mdm： Malus × domestica； vvi： Vitis vinifera； ghr： Gossypium hirsutum； bna： Brassica napus； tcc： Theobroma cacao； ptc： Populus trichocarpa； cpa： Carica papaya； lus： Linum usitatissimum. 選取不同物種 miRNA 前體序列進行系統(tǒng)進化分析，其中 Pre-miR164b 序列與蓖麻 rco-MIR164a（ MI0013382）的親緣關(guān)系最近（圖 4） 。 孫玉燕，何艷軍，牛曉偉，崔 狄，范 敏 . 西瓜 miR164b 靶基因鑒定及其對黃瓜綠斑駁花葉病毒侵染應(yīng)答分析 . 園藝學(xué)報， 2018， 45 (3)： 482 492. 487 圖 4 Pre-miR164b 的系統(tǒng)進化分析 mes：木薯； ppe：桃； cln：杉木； gma：大豆； cme：甜瓜； vun：豇豆； rco：蓖麻； bdi：二穗短柄草； ath：擬南芥； sbi：高粱； bra：大白菜； mdm：蘋果； vvi：葡萄； ghr：棉花； bna：油菜； tcc：可可； ptc：楊樹； cpa：木瓜； lus：亞麻。 Fig. 4 Phylogenetic relationship analysis of Pre-miR164b mes： Manihot esculenta； ppe： Prunus persica； cln： Cunninghamia lanceolata； gma： Glycine max； cme： Cucumis melo； vun： Vigna unguiculata；rco： Ricinus communis； bdi： Brachypodium distachyon； ath： Arabidopsis thaliana； sbi： Sorghum bicolor； bra： Brassica rapa； mdm： Malus × domestica； vvi： Vitis vinifera； ghr： Gossypium hirsutum； bna： Brassica napus； tcc： Theobroma cacao； ptc： Populus trichocarpa； cpa： Carica papaya； lus： Linum usitatissimum. 2.3 miR164b 前體基因啟動子區(qū)順式作用元件分析 對 Pre-miR164b 上游 1 500 bp（ Chr3： 28184901.28186400）的啟動子區(qū)所含的順式作用元件進行分析，發(fā)現(xiàn)其含有多個順式作用元件（表 2） 。 表 2 Pre-miR164b 啟動子區(qū)順式作用元件分析 Table 2 Analysis of Pre-miR164b promoter and its cis-acting regulatory elements 功能 Function 元件名稱 Motif name 物種 Species 位置 /正（反）義鏈 Position/strand 序列 Sequence 光響應(yīng)元件 Light responsive element 3-AF1 binding site 馬鈴薯 Solanum tuberosum 1 119（-） AAGAGATATTT 高轉(zhuǎn)錄水平順式作用元件 cis-acting element conferring high transcription levels 5UTR Py-rich stretch 番茄 Lycopersicon esculentum 1 416（-） TTTCTTCTCT 厭氧誘導(dǎo)必需順式作用元件 cis-acting regulatory element essential for the anaerobic induction ARE 玉米 Zea mays 1 114（-） TGGTTT 富含 AT DNA 結(jié)合蛋白的結(jié)合位點 Binding site of AT-rich DNA binding protein AT-rich element 大豆 Glycine max 1 240（ +） ATAGAAATCAA 部分光響應(yīng)模塊 Part of a light responsive module AT1-motif 馬鈴薯 Solanum tuberosum 105（ +） AATTATTTTTTATT1 020（ +） ATTAATTTTACA Sun Yuyan， He Yanjun， Niu Xiaowei， Cui Di， Fan Min. Identification of the targets of miR164b and their response to Cucumber green mottle mosaic virus infection in watermelon. 488 Acta Horticulturae Sinica， 2018， 45 (3)： 482 492. 續(xù)表 2 功能 Function 元件名稱 Motif name 物種 Species 位置 /正（反）義鏈 Position/strand 序列 Sequence 部分參與光響應(yīng)的保守 DNA 模塊 Part of a conserved DNA module involved in light responsiveness ATCT-motif 擬南芥 Arabidopsis thaliana 141（ +） AATCTAATCT 部分參與光響應(yīng)的保守 DNA 模塊 Part of a conserved DNA module involved in light responsiveness Box 4 香芹 Petroselinum crispum 215（ +） ATTAAT 881（-） ATTAAT 770（-） ATTAAT 1 020（-） ATTAAT 光響應(yīng)元件 Light responsive element Box I 豌豆 Pisum sativum 733（ +） TTTCAAA 973（-） TTTCAAA 真菌誘導(dǎo)響應(yīng)元件 Fungal elicitor responsive element Box-W1 香芹 Petroselinum crispum 991（-） TTGACC 1 437（-） TTGACC 啟動子和增強子區(qū)的普通順式作用元件 Common cis-acting element in promoter and enhancer regions CAAT-box 擬南芥 Arabidopsis thaliana 91（ +） CCAAT 大豆 Glycine max 92（ +） CAATT 994（ +） CAATT 429（-） CAATT 大麥 Hordeum vulgare 430（-） CAAT 927（ +） CAAT 蕪菁 Brassica rapa 969（ +） CAAAT 133（-） CAAAT 乙烯響應(yīng)元件 Ethylene-responsive element ERE 康乃馨 Dianthus caryophyllus 732（ +） ATTTCAAA 參與光響應(yīng)的順式作用元件 cis-acting regulatory element involved in light responsiveness G-box 玉米 Zea mays 384（-） CACGTT 部分光響應(yīng)元件 Part of a light responsive element GA-motif 向日葵 Helianthus annuus 160（ +） AAAGATGA 部分光響應(yīng)模塊 Part of a light responsive element GAG-motif 菠菜 Spinacia oleracea 1 416（ +） AGAGATG 赤霉素響應(yīng)元件 Gibberellin-responsive element GARE-motif 甘藍 Brassica oleracea 616（ +） AAACAGA 光響應(yīng)元件 Light responsive element GT1-motif 燕麥 Avena sativa 885（-） GGTTAAT 擬南芥 Arabidopsis thaliana 1 385（ +） GGTTAA 886（-） GGTTAA 參與熱脅迫響應(yīng)的順式作用元件 cis-acting element involved in heat stress responsiveness HSE 甘藍 Brassica oleracea 310（ +） AAAAAATTTC 727（ +） AAAAAATTTC 498（ +） AAAAAATTTC 928（ +） AAAAAATTTC 部分光響應(yīng)元件 Part of a light responsive element I-box 黃菊 Flaveria trinervia 821（-） GATATGG 部分光響應(yīng)元件 Part of a light responsive element LAMP-element 菠菜 Spinacia oleracea 1111（ +） CCAAAACCA 參與類黃酮生物合成基因調(diào)控的 MYB 結(jié)合位點 MYB binding site involved in flavonoid biosynthetic genes regulation MBSI 矮牽牛 Petunia hybrida 887（-） aaaAaaC(G/C)GTTA 參與光響應(yīng)的 MYB 結(jié)合位點 MYB binding site involved in light responsiveness MRE 香芹 Petroselinum crispum 1 341（ +） AACCTAA 胚乳表達必需順式作用元件 cis-acting regulatory element required for endosperm expression Skn-1_motif 水稻 Oryza sativa 164（-） GTCAT 436（-） GTCAT376（ +） GTCAT 轉(zhuǎn)錄起始區(qū)的核心啟動子元件 Core promoter element around 30 of transcription start TATA-box 油菜 Brassica napus 10（ +） ATATAT 擬南芥 Arabidopsis thaliana 11（ +） TATA 13（ +） TATTTAAA 大豆 Glycine max 29（ +） TAATA 參與水楊酸響應(yīng)的順式作用元件 cis-acting element involved in salicylic acid responsiveness TCA-element 煙草 Nicotiana tabacum 827（ +） CCATCTTTTT 890（ +） CCATCTTTTT 甘藍 Brassica oleracea 1 457（ +） GAGAAGAATA 部分光響應(yīng)元件 Part of a light responsive element TCT-motif 擬南芥 Arabidopsis thaliana 1 492（-） TCTTAC 孫玉燕，何艷軍，牛曉偉，崔 狄，范 敏 . 西瓜 miR164b 靶基因鑒定及其對黃瓜綠斑駁花葉病毒侵染應(yīng)答分析 . 園藝學(xué)報， 2018， 45 (3)： 482 492. 489 包括基因啟動子和增強子區(qū)的順式作用元件（ TATA-box 和 CAAT-box） ，光響應(yīng)元件（ 3-AF1 binding site、 AT1-motif、 ATCT-motif、 TCT-motif、 AT-rich element、 ATCT-motif、 G-box、 LAMP-element、I-box、 GA-motif、 GAG-motif、 Box、 Box 4、 GT1-motif 和 MRE） ，赤霉素響應(yīng)元件（ GARE-motif） ，乙烯響應(yīng)元件（ ERE） ，水楊酸響應(yīng)元件（ TCA-element） ，真菌誘導(dǎo)響應(yīng)元件（ Box-W1） ，熱激響應(yīng)元件（ HSE） ，胚乳表達調(diào)控元件（ Skn-1-motif） ，類黃酮生物合成基因調(diào)控元件（ MBSI）等。由此可以預(yù)測， miR164b 可能參與調(diào)控植物的生長發(fā)育、次生代謝產(chǎn)物合成和逆境脅迫應(yīng)答等多個生理過程。 2.4 降解組測序鑒定 miR164b</p>
個人主頁