周艷芳 王秀芝 張曉梅 等 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū)辣椒病毒種類鑒定及其遺傳進(jìn)化特征 J 福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2024 39 7 819 825 ZHOU Y F WANG X Z ZHANG X M et al Identification and Genetic Evolution of Viruses Infecting Chili Peppers at Chifeng Inner Mongolia J Fujian Journal of Agricultural Sciences 2024 39 7 819 825 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū)辣椒病毒種類鑒定及其遺傳進(jìn)化特征 周艷芳1 王秀芝1 張曉梅1 羅香文2 劉澤紅3 崔聰聰1 孟令強(qiáng)1 孫軍玲1 1 赤峰市農(nóng)牧科學(xué)研究所 內(nèi)蒙古 赤峰 024031 2 湖南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院 湖南 長(zhǎng)沙 410125 3 湖南省慈利縣 高峰土家族鄉(xiāng)農(nóng)業(yè)綜合服務(wù)中心 湖南 張家界 427205 摘 要 目的 系統(tǒng)檢測(cè)內(nèi)蒙古赤峰市辣椒主產(chǎn)區(qū)病毒發(fā)生種類 并分析病毒的遺傳分化情況 以期為該地區(qū)辣 椒病毒病精準(zhǔn)防控提供理論依據(jù) 方法 從內(nèi)蒙古赤峰地區(qū)4個(gè)辣椒主產(chǎn)區(qū)采集疑似病毒侵染的辣椒樣本 47份 采用sRNA高通量測(cè)序技術(shù)結(jié)合生物信息學(xué)分析 以及常規(guī)RT PCR檢測(cè) 明確侵染辣椒的病毒種類及復(fù)合 侵染情況 采用常規(guī)Sanger測(cè)序測(cè)定常規(guī)RT PCR擴(kuò)增片段序列 進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析 結(jié)果 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū) 4個(gè)辣椒主產(chǎn)區(qū)辣椒混合病樣的sRNA高通量測(cè)序 共檢測(cè)到6種病毒 常規(guī)RT PCR共驗(yàn)證到其中4種病毒 4個(gè) 地區(qū)病毒種類存在明顯差異 松山區(qū)城子鄉(xiāng)優(yōu)勢(shì)種類為蠶豆萎蔫病毒2 Broad bean wilt virus 2 BBWV2 和馬鈴薯 Y病毒 Potato virus Y PVY 喀喇沁旗錦山鎮(zhèn)為PVY和辣椒輕斑駁病毒 Pepper mild mottle virus PMMoV 寧 城縣和喀喇沁旗西橋鎮(zhèn)為BBWV2 復(fù)合侵染類型以2種病毒復(fù)合侵染為主 復(fù)合侵染率最高達(dá)61 54 對(duì)測(cè)定的 序列系統(tǒng)發(fā)育分析表明 赤峰地區(qū)4個(gè)辣椒產(chǎn)區(qū)的PMMoV和BBWV2存在遺傳分化 PVY可能出現(xiàn)了新的遺傳 型 結(jié)論 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū)不同辣椒主產(chǎn)區(qū)發(fā)生的病毒種類 檢出率和病毒復(fù)合侵染種類均存在明顯差異 關(guān)鍵詞 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū) 辣椒病毒病 sRNA高通量測(cè)序 RT PCR 復(fù)合侵染 系統(tǒng)發(fā)育分析 中圖分類號(hào) S436 418 1 2文獻(xiàn)標(biāo)志碼 A文章編號(hào) 1008 0384 2024 07 0819 07 Identification and Genetic Evolution of Viruses Infecting Chili Peppers at Chifeng Inner Mongolia ZHOU Yanfang1 WANG Xiuzhi1 ZHANG Xiaomei1 LUO Xiangwen2 LIU Zehong3 CUI Congcong1 MENG Lingqiang1 SUN Junling1 1 Chifeng Academy of Agricultural and Animal Science of Inner Mongolia Chifeng Inner Mongolia 024031 China 2 Hunan Academy of Agricultural Science Changsha Hunan 410125 China 3 Rural integrated Service Center of Gaofeng Tujia Village of Cili County of Hunan Province Zhangjiajie Hunan 427205 China Abstract Objective Viruses that infected chili pepper crops in Chifeng City Inner Mongolia were identified and their genetic relationship analyzed Methods The 47 infected chili pepper plants at 4 major producing areas in Chifeng City were diagnosed and viruses identified by sRNA high throughput sequencing with bioinformatic analysis and RT PCR Fragments of RT PCR were sequenced using the Sanger method to conduct a phylogenetic analysis with the MEGA software Results Six viruses were identified by sRNA high throughput sequencing Of which 4 were re verified by RT PCR The dominant viruses infecting the 4 regions differed significantly They were Broad bean wilt virus 2 BBWV2 and Potato virus Y PVY in Chengzi County of Songshang District PVY and Pepper mild mottle virus PMMoV in Jinshan County of Kalaqin District and BBWV2 in Ningcheng County and Xiqiao County of kalaqin District When the infection was caused by multiple viruses it was mostly by two major pathogens and had the highest rate of occurrence at 61 54 The phylogenetic analysis on the sequenced nucleotides of the viruses showed distinctive genetic differences between PMMoV and BBWV2 and possibly PVY of a novel genetic type Conclusion There are significant differences in the types of viruses detection rates 收稿日期 2023 10 28 修回日期 2024 01 11 作者簡(jiǎn)介 周艷芳 1986 女 碩士 副研究員 主要從事植物病蟲害研究 E mail yecaode 通信作者 王秀芝 1964 女 研究員 主要從事辣椒新品種選育研究 E mail yzhdx 基金項(xiàng)目 國(guó)家大宗蔬菜產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系赤峰綜合試驗(yàn)站 CARS 23 G21 湖南省自然科學(xué)基金 2021JJ30415 國(guó)家自然科學(xué)基金 32072383 湖南省科技創(chuàng)新項(xiàng)目 2022CX08 2023CX39 福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2024 39 7 819 825 Fujian Journal of Agricultural Sciences doi 10 19303 j issn 1008 0384 2024 07 009 and types of virus co infections that occur in different chili production areas of Chifeng City in Inner Mongolia Key words Chifeng City of Inner Mongolia chili pepper viral disease sRNA sequencing RT PCR multiple species infection phylogenetic analysis 0 引言 研究意義 辣椒 Capsicum annuum 是內(nèi)蒙 古蔬菜生產(chǎn)中單一種植面積最大的蔬菜種類 且種 植面積仍在快速增長(zhǎng) 1 2 一直以來辣椒病毒病是內(nèi) 蒙古辣椒生產(chǎn)過程中最主要的病害 不但影響辣椒 的產(chǎn)量 而且對(duì)辣椒商品性也造成嚴(yán)重影響 降低 辣椒生產(chǎn)的種植效益 2 研究明確侵染辣椒的病毒種 類 可為辣椒病毒病的精準(zhǔn)防控提供科學(xué)依據(jù) 前人研究進(jìn)展 生產(chǎn)上 辣椒病毒種類多且復(fù)合 侵染現(xiàn)象十分普遍 因此僅根據(jù)辣椒發(fā)病癥狀 很 難確定侵染病毒種類 3 據(jù)報(bào)道侵染我國(guó)辣椒的病毒 種類較多 主要包括黃瓜花葉病毒屬 Cucumovirus 煙草花葉病毒屬 Tobamovirus 馬鈴薯X病毒屬 Potexvirus 馬鈴薯Y病毒屬 Potyvirus 馬鈴 薯卷葉病毒屬 Polerovirus 和蠶豆病毒屬 Fabavirus 的病毒 4 目前我國(guó)報(bào)道的侵染辣椒的病毒種類已 達(dá)33種 最多有8種病毒復(fù)合侵染 4 此外 隨著 sRNA高通量測(cè)序技術(shù)等應(yīng)用于辣椒病毒檢測(cè) 一些 新發(fā)病毒種類被陸續(xù)發(fā)現(xiàn)并報(bào)道 如利用該技術(shù) 研究發(fā)現(xiàn)廣東 貴州和湖南等省的部分辣椒主產(chǎn)區(qū) 的新發(fā)病毒種類如辣椒斑駁病毒 Pepper mottle virus PepMoV 辣椒脈黃病毒 Pepper veinal yellows virus PeVYV 等成為優(yōu)勢(shì)病毒種類 4 8 本研究切 入點(diǎn) 現(xiàn)有研究表明 內(nèi)蒙古辣椒主產(chǎn)區(qū)的主要病 毒原種類 與我國(guó)其他地區(qū)存在明顯差異 4 9 然而 內(nèi)蒙古辣椒主產(chǎn)區(qū)的主要病毒種類并不明確 擬 解決的關(guān)鍵問題 采集內(nèi)蒙古赤峰市4個(gè)辣椒主產(chǎn) 區(qū)具有不同病毒癥狀的辣椒樣本 采用sRNA深度 測(cè)序技術(shù)系統(tǒng)分析辣椒病毒種類 應(yīng)用RT PCR特異 性檢測(cè)結(jié)合常規(guī)Sanger 測(cè)序法測(cè)定PCR 擴(kuò)增片段序 列 分析測(cè)定序列的分子特征 鑒定辣椒病毒種 類 以期明確辣椒病毒的遺傳進(jìn)化特征 為辣椒病 毒病的精準(zhǔn)防治提供科學(xué)依據(jù) 1 材料與方法 1 1 材料 2021年6 10月于內(nèi)蒙古自治區(qū)赤峰市的寧城縣 標(biāo)記為 NC 12個(gè)樣本 喀喇沁旗西橋鎮(zhèn) 標(biāo)記為 XQ 10個(gè)樣本 松山區(qū)城子鄉(xiāng) 標(biāo) 記為 CZ 13個(gè)樣本 和喀喇沁旗錦山鎮(zhèn) 標(biāo)記為 KQ 12個(gè)樣本 采集疑似病毒侵染的辣椒樣 本 采集辣椒樣本的典型癥狀包括植株矮化 葉片 畸形 黃化 花葉 斑駁等 所有樣本用液氮速 凍 保存于 80 超低溫冰箱 1 2 方法 1 2 1 sRNA測(cè)序與分析 將每個(gè)地區(qū)的辣椒樣本取等量混合 抽提總 RNA 委托上海歐易生物科技有限公司利用Illumina HiSeq2000測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行sRNA高通量測(cè)序 原始測(cè) 序數(shù)據(jù) raw reads 去接頭 去污染和去除低質(zhì)量序 列處理得到高質(zhì)量序列 采用Bowtie軟件 10 去除非 編碼RNA ncRNA 以及重復(fù)序列 Repbase 采 用Velvet軟件 https www merriam tionary velvet 拼接序列為contig 然后采用Blast比 對(duì)算法 利用GenBank Virus Ref Seq核酸數(shù)據(jù)庫 Virus RefSeq Nucleotide https www ncbi nlm nih gov refseq 進(jìn)行比對(duì)和注釋 1 2 2 RT PCR驗(yàn)證辣椒病毒種類 取辣椒樣本葉片0 1 g 加入液氮研磨 解凍前 加入Trizol溶液1 mL 轉(zhuǎn)入1 5 mL離心管 渦旋混 勻 離心取上清 加入氯仿 離心后去上清 異丙 醇沉淀總RNA 保存于 80 冰箱備用 以抽提總 RNA為模板合成cDNA cDNA第一鏈合成采用1st Strand cDNA Synthesis試劑盒 Takara PCR擴(kuò)增 采用KOD DNA polymerase Toyobo 具體參數(shù)參 考說明書 采用馬鈴薯Y病毒 Potato virus Y PVY 蠶豆萎蔫病毒2 Broad bean wilt virus 2 BBWV2 辣椒輕斑駁病毒 Pepper mild mottle virus PMMoV 昆蟲類裸露核酸病毒1 Insect narna like virus 1 INLV 的特異性引物 4 進(jìn)行 反應(yīng) 體系 20 L 包括PCR Buffer 5 L 上游 下游引物 10 mol L 1 各0 2 L dNTP Mix 1 0 L 總RNA 1 0 L DNA聚合酶1 0 L 加ddH2O至20 L PCR反應(yīng)程序 95 預(yù)變性2 min 95 30 s 55 58 15 s 72 1 min 35個(gè)循環(huán) 最后72 延伸10 min 采用MiniBEST Agarose Gel DNA純化 試劑盒 Takara PCR產(chǎn)物并克隆到pEASY T5載 體 重組載體送生工生物工程 上海 股份有限公 司測(cè)序 1 2 3 辣椒病毒遺傳進(jìn)化特征 測(cè)定序列采用DNAstar 5 0軟件中的Seqman 進(jìn)行拼接 序列同源性分析采用Genbank的nblast進(jìn) 820福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)第 39 卷 行在線分析 https blast ncbi nlm nih gov Blast cgi 采用 MEGA v11軟件對(duì)測(cè)定序列構(gòu)建Nerghbor Joining系統(tǒng)發(fā)育樹 置信度重復(fù)次數(shù)為1 000 11 分析辣椒病毒遺傳進(jìn)化特征 2 結(jié)果與分析 2 1 sRNA深度測(cè)序分析 2 1 1 sRNA深度測(cè)序數(shù)據(jù)分析 內(nèi)蒙古4個(gè)地區(qū)的辣椒樣本 按地區(qū)進(jìn)行混合 為4個(gè)測(cè)序樣本 4個(gè)測(cè)序樣本經(jīng)sRNA深度測(cè)序 獲得607 671 M數(shù)據(jù) 表1 測(cè)序sRNA長(zhǎng)度介 于18 30 bp 主要集中在21 24 bp 圖1 測(cè)定 序列經(jīng)過拼接 在NCBI 病毒數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì) 比 對(duì)上的病毒包括PVY 向日葵褪綠斑駁病毒 Sunflower chlorotic mottle virus SCMV 甘薯G病 毒 Sweet potato virus G SPVG BBWV2 PMMoV INLV等6個(gè) 表 1 sRNA測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量 Table 1 Quality of data obtained by sRNA 樣本 編號(hào) Sample No 原始 讀數(shù)量 Reads M 原始 序列量 Bases M GC含量 GC content 質(zhì)量值 Q30 片段數(shù)量 Contig number 片段長(zhǎng) 度中值 Contig N50 bp 城子鄉(xiāng) CZ 12 14 607 52 34 97 45 284 157 錦山鎮(zhèn) KQ 13 34 667 48 28 97 46 394 182 寧城縣 NC 13 43 671 51 06 97 37 276 168 西橋鎮(zhèn) XQ 12 80 640 51 64 97 60 258 146 Q30 Phred 數(shù)值大于 30 的堿基占總體堿基的百分比 Q30 ratio of bases of Phred number over 30 in total bases 0 5 10 15 20 25 30 35 40 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 sRNA 比例 sRNA ratio sRNA長(zhǎng)度 sRNA length bp 西橋鎮(zhèn) XQ錦山鎮(zhèn) KQ 城子鄉(xiāng) CZ寧城縣 NC 圖 1 sRNA長(zhǎng)度分布 Fig 1 Distribution of sRNA length 2 2 RT PCR驗(yàn)證辣椒病毒種類 2 2 1 辣椒樣本病毒檢出率 為進(jìn)一步檢測(cè)驗(yàn)證sRNA高通量測(cè)序結(jié)果 明確 病毒發(fā)生種類 用病毒特異性引物對(duì)每一份辣椒 樣本進(jìn)行常規(guī)RT PCR檢測(cè) 采集的辣椒樣本中 共檢出4種病毒 包括PMMoV BBWV2 PVY和 INCV 表2 其中 松山區(qū)城子鄉(xiāng) CZ 檢出 3種病毒 BBWV2檢出率最高 檢出率達(dá)92 31 其次為PMMoV 檢出率為61 54 INLV檢出率最 低 為23 08 喀喇沁旗錦山鎮(zhèn) KQ 的優(yōu)勢(shì)病毒 種類為PVY 檢出率高達(dá)83 33 其次為PMMoV 和BBWV2 檢出率分別為58 33 41 67 寧城縣 NC 檢出2種病毒 優(yōu)勢(shì)種類為BBWV2 檢出率 為58 33 其次為PMMoV 檢出率為25 喀喇沁 旗西橋鎮(zhèn) XQ 檢出2種病毒 BBWV2和PMMoV 檢出率分別為30 00 和20 00 表 2 辣椒病毒檢出率 Table 2 Positive viral detection rate on chili pepper plants 采樣地點(diǎn) Sampling site 辣椒樣本病毒檢出率 Rates of positive detection of viruses in pepper plants SPVG PMMoV BBWV2 PVY INLV SCMV 城子鄉(xiāng) CZ 0 61 54 92 31 0 23 08 0 錦山鎮(zhèn) KQ 0 58 33 41 67 83 33 0 0 寧城縣 NC 0 25 00 58 33 0 0 0 西橋鎮(zhèn) XQ 0 20 00 30 00 0 0 0 2 2 2 辣椒病毒復(fù)合侵染種類及侵染率 辣椒病毒復(fù)合侵染種類及復(fù)合侵染率結(jié)果表明 表3 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū)辣椒病毒主要以2種病毒 復(fù)合侵染為主 2個(gè)地區(qū)存在3種病毒復(fù)合侵染類 型 其中 松山區(qū)城子鄉(xiāng) CZ BBWV2和PMMoV 復(fù)合侵染檢出率為61 54 BBWV2和INCV復(fù)合侵 染為23 08 BBWV2 INCV和PMMoV三者復(fù)合 侵染率為23 08 喀喇沁旗錦山鎮(zhèn) KQ 存在4種 病毒復(fù)合侵染類型 PMMoV和PVY復(fù)合侵染率最 高 檢出率達(dá)58 33 PMMoV BBWV2和PVY三 者復(fù)合侵染率為25 00 寧城縣 NC 和喀喇沁旗 西橋鎮(zhèn) XQ 僅有PMMoV和BBWV2復(fù)合侵染 第 7 期周艷芳等 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū)辣椒病毒種類鑒定及其遺傳進(jìn)化特征821 復(fù)合侵染率分別為25 00 和15 38 2 3 辣椒病毒遺傳進(jìn)化特征 每個(gè)地區(qū)的每種病毒選取2 3個(gè)PCR產(chǎn)物進(jìn)行 測(cè)序 測(cè)定序列在NCBI中進(jìn)行nblast比對(duì) 選取不 同區(qū)域的病毒分離物序列進(jìn)行聚類分析 BBWV2 RNA依賴的RNA聚合酶基因 RdRP 部分核苷酸 序列聚類分析結(jié)果表明 圖2 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū) 4個(gè)辣椒產(chǎn)區(qū)的BBWV2可以分為2個(gè)亞簇 其中亞 簇I與國(guó)內(nèi)外的分離物聚類一簇 而亞簇II單獨(dú)聚 類一簇 存在明顯的分化趨勢(shì) PMMoV的CP基因 部分核苷酸序列的聚類分析結(jié)果表明 圖3 與 BBWV2的趨勢(shì)類似 也存在明顯分化趨勢(shì) 可以分 為兩個(gè)亞簇 喀喇沁旗錦山鎮(zhèn) KQ 分離物與我國(guó) 云南和甘肅分離物 歐洲的斯洛文尼亞 Slovenia 南美洲的厄瓜多爾 Ecaudor 聚為亞簇II 赤峰地 區(qū)其他3個(gè)產(chǎn)區(qū)分離物與東南亞的越南 韓國(guó)和日 本以及美洲的墨西哥 加拿大 歐洲意大利分離物 聚為亞簇I PVY的CP基因部分核苷酸序列的聚類 分析結(jié)果 圖4 表明 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū)喀喇沁旗錦 山鎮(zhèn) KQ 辣椒產(chǎn)區(qū)的PVY分離物 與我國(guó)其他地 區(qū)的PVY分離物存在明顯的遺傳差異 且2個(gè) KQ分離物之間存在遺傳分化 KQ591 92 74 7872 85 49 69 66 42 52 90 43 11 53 41 0 1 KQ2 CZ4 XQ9 KQ6 XQ8 XQ10 NC1 NC4 BB5 KC625493 韓國(guó) South Korea Anhui KY606992 S Anhui China Hunan KJ789403 S 2 Hunan China Ja AB013615 日本 Japan PV 0537 OP722589 德國(guó) Germany BIFXH OQ857921 中國(guó)北京 Beijing China Am JX575182 中國(guó)山西 Shanxi China Yunnan MW271031 中國(guó)云南 Yunnan China Sin NC003004 新加坡 Singapore CZ1 C7399 XJ14 3 FN985164 中國(guó)新疆 Xinjiang China DSMZ PV 0066 OP722588 美國(guó)The United States BBWV2 RNA1 MH645159 英國(guó)The United Kingdom 圖 2 BBWV2 RNA依賴的RNA聚合酶基因部分核苷酸序列系統(tǒng)發(fā)育分析 Fig 2 Phylogenetic analysis on partial nucleotide sequence of RNA dependent RNA polymerase gene of BBWV2 3 討論與結(jié)論 本研究采用sRNA高通量測(cè)序結(jié)合RT PCR 檢 測(cè)了內(nèi)蒙古赤峰市辣椒主產(chǎn)區(qū)病毒種類 并分析了 遺傳進(jìn)化特征 研究結(jié)果表明 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū)辣 椒的病毒優(yōu)勢(shì)種類為PMMoV和BBWV2 不同產(chǎn)區(qū) 的辣椒病毒種類具有明顯差異 且辣椒病毒復(fù)合侵 染非常普遍 該研究結(jié)果為該地區(qū)辣椒病毒病的精 表 3 辣椒病毒復(fù)合侵染率 Table 3 Occurrence rate of multiple viruses infection on chili pepper plants 采樣地點(diǎn) Sampling site 病毒復(fù)合侵染種類 Viruses of fused infection 病毒檢出率 Rates of positive detection of viruses 城子鄉(xiāng) CZ BBWV2 PMMoV 61 54 BBWV2 INLV 23 08 BBWV2 INLV PMMoV 23 08 錦山鎮(zhèn) KQ PMMoV BBWV2 41 67 PMMoV PVY 58 33 BBWV2 PVY 41 67 PMMoV BBWV2 PVY 25 00 寧城縣 NC PMMoV BBWV2 25 00 西橋鎮(zhèn) XQ PMMoV BBWV2 15 38 822福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)第 39 卷 準(zhǔn)防控提供科學(xué)依據(jù) sRNA高通量測(cè)序技術(shù)應(yīng)用于病毒鑒定 具有同 時(shí)鑒定多種病毒復(fù)合侵染的優(yōu)勢(shì) 4 8 12 13 本研究采用 sRNA高通量測(cè)序結(jié)合序列分析 采集的辣椒樣本 中 檢測(cè)出PVY SCMV SPVG BBWV2 PMMoV INLV等6種病毒 然而 常規(guī)RT PCR僅檢測(cè)到 4種病毒 經(jīng)過分析sRNA測(cè)定的序列 發(fā)現(xiàn)與 SCMV和SPVG病毒基因組序列同源性高的片段 分別只有1個(gè)序列片段 將這兩個(gè)序列片段在NCBI 采用nblast進(jìn)行比對(duì) 發(fā)現(xiàn)其與PVY的同源性最 高 推測(cè)可能由于采用Velvet進(jìn)行序列比對(duì)分析時(shí) 設(shè)定的序列同源性閾值較低所致 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū)侵染4個(gè)辣椒主產(chǎn)區(qū)的病毒常 規(guī)RT PCR擴(kuò)增的核苷酸序列聚類分析表明 侵染該 地區(qū)辣椒的BBWV2和PMMoV可聚為2個(gè)亞簇 2個(gè)PVY分離物分布在單獨(dú)發(fā)育支 說明該地區(qū)的 辣椒病毒存在明顯株系分化 蔬菜病毒的前期研究 表明 蔬菜病毒的基因組遺傳進(jìn)化 對(duì)于蔬菜病毒 的適應(yīng)性進(jìn)化起到重要作用 14 16 也是蔬菜病毒快 速擴(kuò)散的重要原因 17 18 不同國(guó)家的30多個(gè)BBWV2 的基因組核苷酸序列分析表明 BBWV2基因組核苷 酸多態(tài)性 Nucleotide diversity 高 聚類分析結(jié)果顯 示 沒有明顯的遺傳分化 19 與該研究結(jié)果類似 赤峰地區(qū)3個(gè)辣椒產(chǎn)區(qū)的BBWV2與其他國(guó)家包括美 國(guó) 英國(guó) 德國(guó) 日本等的分離株聚為一個(gè)亞簇 此外 本研究發(fā)現(xiàn) 赤峰地區(qū)的一個(gè)辣椒產(chǎn)區(qū)松山 區(qū)城子鄉(xiāng) CZ 的BBWV2分離物出現(xiàn)遺傳分化 表明BBWV2也存在遺傳分化的可能 后續(xù)將克隆該 產(chǎn)區(qū)BBWV2的全基因組 并進(jìn)行相關(guān)遺傳進(jìn)化分 析 為BBWV2的適應(yīng)性進(jìn)化分子機(jī)制提供理論依 據(jù) PMMoV傳播方式多樣 在世界多國(guó)的辣椒主產(chǎn) 區(qū)快速擴(kuò)展危害 其基因組遺傳變異速度非常快 幾乎達(dá)到了動(dòng)物RNA病毒基因組變異速度 20 本研究表明 赤峰地區(qū)4個(gè)辣椒產(chǎn)區(qū)的PMMoV存在 明顯遺傳分化 也證明了PMMoV遺傳變異速度 快 這也可能是PMMoV快速擴(kuò)展的分子機(jī)制 PVY 在長(zhǎng)期與寄主互作中 其遺傳分化明顯 21 本研究 發(fā)現(xiàn)赤峰地區(qū)的PVY分離物可能是一個(gè)新的遺傳類 型 該結(jié)果需要進(jìn)一步的分子驗(yàn)證 后續(xù)將深入研 究?jī)?nèi)蒙古赤峰地區(qū)辣椒病毒不同株系的致病性及其 分子機(jī)制 為分析辣椒這幾類辣椒病毒的適應(yīng)性分 子機(jī)制提供理論依據(jù) 蔬菜生產(chǎn)上 多種蔬菜病毒復(fù)合侵染的現(xiàn)象普 遍存在 其產(chǎn)生癥狀通常比單一病毒侵染更重 造 94 NC4 NC1 CZ3 CZ1 XQ6 XQ8 Kiss 86 1 OK558736 加拿大 Canada 73 56 45 73 58 88 65 74 56 69 KQ2 KQ465 57 59 0 002 14 12 MT130392 黑西哥 Mexico Iw AB254821 日本 Japan PMMV1 2 AJ429088 意大利 Italy P 60 09 KC288151 塞爾維亞 Serbia G07 ON557629 韓國(guó) South Korea VPCP MW012414 越南 Vietnam XJ MT733325 中國(guó)新疆 Xinjiang China LNGZpepMC KY234298 中國(guó)遼寧 Liaoning China BJ KX883724 中國(guó)北京 Beijing China I T MT665963 秘魯 Peru CTS36 1 OQ198320 中國(guó)甘肅 Gansu China WW17 MN167901 斯洛文尼亞 Slovenia WsCa MW291543 厄瓜多爾 Ecuador QJ MK784568 中國(guó)云南 Yunnan China 圖 3 PMMoV CP基因部分核苷酸序列系統(tǒng)發(fā)育分析 Fig 3 Phylogenetic analysis on partial nucleotide sequence of CP gene of PMMoV 第 7 期周艷芳等 內(nèi)蒙古赤峰地區(qū)辣椒病毒種類鑒定及其遺傳進(jìn)化特征823 成的損失也更大 4 22 25 研究表明 菜豆莢斑駁病毒 Bean pod mottle virus BPMV 和大豆花葉病毒 Soybean mosaic virus SMV 復(fù)合侵染 促進(jìn)傳毒 介體擴(kuò)散病毒和侵染寄主 26 蔬菜病毒復(fù)合侵染 對(duì)于蔬菜病毒的侵染 傳播和擴(kuò)散等方面存在互惠 作用 這種現(xiàn)象可能普遍存在且呈現(xiàn)上升態(tài)勢(shì) 27 28 本研究表明 赤峰地區(qū)4個(gè)辣椒產(chǎn)區(qū) 侵染辣椒的 病毒復(fù)合侵染以2種為主 不同地區(qū)存在明顯差 異 該研究結(jié)果為制定區(qū)域性辣椒病毒病精準(zhǔn)綜合 防控技術(shù)提供科學(xué)依據(jù) 參考文獻(xiàn) 崔聰聰 王秀芝 張曉梅 等 赤峰市露地辣椒生產(chǎn)情況及經(jīng)濟(jì)效益 調(diào)查分析 J 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技 2018 24 92 93 95 CUI C C WANG X Z ZHANG X M et al Investigation and analysis on the production situation and economic benefit of pepper in Chifeng city J Modern Agricultural Science and Technology 2018 24 92 93 95 in Chinese 1 張曉梅 王秀芝 崔聰聰 等 2018年赤峰地區(qū)設(shè)施辣椒生產(chǎn)與市場(chǎng) 情況分析 J 中國(guó)蔬菜 2019 3 89 92 ZHANG X M WANG X Z CUI C C et al Production and market analysis of protected pepper in Chifeng area in 2018 J China Vegetables 2019 3 89 92 in Chinese 2 柴阿麗 陳利達(dá) 曹金強(qiáng) 等 利用siRNA高通量測(cè)序和RT PCR技 術(shù)鑒定引起茄子斑駁紫花病的病毒種類 J 園藝學(xué)報(bào) 2019 46 3 508 518 CHAI A L CHEN L D CAO J Q et al Identification of viruses causing eggplant purple mottle flower disease by sirna high throughput sequencing and RT PCR detection J Acta Horticulturae Sinica 2019 46 3 508 518 in Chinese 3 劉勇 李凡 李月月 等 侵染我國(guó)主要蔬菜作物的病毒種類 分布 與發(fā)生趨勢(shì) J 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué) 2019 52 2 239 261 LIU Y LI F LI Y Y et al Identification distribution and occurrence of viruses in the main vegetables of China J Chinese Agricultural Sciences 2019 52 2 239 261 in Chinese 4 SKELTON A UZAYISENGA B FOWKES A et al First report of Pepper veinal mottle virus pepper yellows virus and a novel enamovirus in chilli pepper Capsicum sp in Rwanda J New Disease Reports 2018 37 1 5 5 馮耿 辛敏 曹孟籍 等 深度測(cè)序發(fā)現(xiàn)貴陽發(fā)生的辣椒病毒病由多 種病毒復(fù)合侵染所致 J 植物病理學(xué)報(bào) 2017 47 5 591 597 FENG G XIN M CAO M J et al Identification of multiple viruses infecting hot pepper in Guiyang by deep sequencing J Acta Phytopathologica Sinica 2017 47 5 591 597 in Chinese 6 廖震 趙德剛 趙懿琛 利用小RNA深度測(cè)序技術(shù)檢測(cè)分析小黃姜 病毒 J 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué) 2018 37 6 2417 2422 LIAO Z ZHAO D G ZHAO Y C Detection and analysis of viruses 7 Guiyang 147 HF544342 貴州 Guizhou GZ MN381731 山東 Shandong NMG13 KC506392 內(nèi)蒙古 Inner Mongolia HuB38 KC506391 湖北 Hubei Shaanxi 2 KJ513436 陜西 Shaanxi CS23 KC296856 湖南 Hunan HeB2 KC282362 河北 Hebei 85 45 68 93 ZM3 KJ634690 四川 Sichuan HLJ 9 4 KX688598 黑龍江 Heilongjiang BHC MF033143 Guangdong PS01 KF280644 i Chongqing Liaoning 2 KJ513433 a Liaoning FQ201512 KX376948 y Fujian SXPX 15 OK491085 Shanxi 1106 KC296438 2 Henan KQ1 KQ2 0 000 5 圖 4 PVY CP基因部分核苷酸序列系統(tǒng)發(fā)育分析 Fig 4 Phylogenetic analysis on partial nucleotide sequence of CP gene of PVY 824福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)第 39 卷 from small yellow ginger Zingiber officinale Rosc by small RNA deep sequencing technology J Genomics and Applied Biology 2018 37 6 2417 2422 in Chinese 湯亞飛 裴凡 李正剛 等 基于小RNA深度測(cè)序技術(shù)鑒定侵染廣 東辣椒的病毒種類 J 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué) 2019 52 13 2256 2267 TANG Y F PEI F LI Z G et al Identification of viruses infecting peppers in Guangdong by small RNA deep sequencing J Scientia Agricultura Sinica 2019 52 13 2256 2267 in Chinese 8 于海龍 靳遠(yuǎn) 劉婧 等 我國(guó)辣椒病毒病發(fā)生情況及發(fā)展趨勢(shì) 基 于2018年和2019年辣椒主產(chǎn)區(qū)的調(diào)查 J 中國(guó)蔬菜 2020 9 25 30 YU H L JIN Y LIU J et al Occurrence and development trend of pepper virus disease in China based on main pepper producing areas investigation in 2018 and 2019 J China Vegetables 2020 9 25 30 in Chinese 9 LANGMEAD B TRAPNELL C POP M et al Ultrafast and memory efficient alignment of short DNA sequences to the human genome J Genome Biology 2009 10 3 R25 10 TAMURA K STECHER G KUMAR S MEGA11 Molecular evolutionary genetics analysis version 11 J Molecular Biology and Evolution 2021 38 7 3022 3027 11 VISSER M BESTER R BURGER J T et al Next generation sequencing for virus detection covering all the bases J Virology Journal 2016 13 85 12 SANTALA J VALKONEN J P T Sensitivity of small RNA based detection of plant viruses J Frontiers in Microbiology 2018 9 939 13 GARC A ARENAL F FRAILE A MALPICA J M Variability and genetic structure of plant virus populations J Annual Review of Phytopathology 2001 39 157 186 14 李桑桑 胡榮 羅香文 等 湖北和廣西辣椒脈斑駁病毒的檢測(cè)及 遺 傳多樣性分析 J 南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2020 51 7 1693 1698 LI S S HU R LUO X W et al Detection and genetic identity of Pepper veinal mottle virus in Hubei and Guangxi J Journal of Southern Agriculture 2020 51 7 1693 1698 in Chinese 15 湯亞飛 裴凡 于琳 等 侵染廣