nullnullnullnullnull nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 收稿日期 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 修訂日期 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 基金項目 null 北京市農(nóng)林科學(xué)院科技創(chuàng)新能力建設(shè)專項 nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull 北京市農(nóng)林科學(xué)院青年科研基金 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null 通信作者 null nullnullnullnullnull 邱艷紅 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 徐秀蘭 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 北京地區(qū)侵染茄子的番茄斑萎病毒分子鑒定與分析 田 null 文 null null null 邱艷紅 nullnull null 秦文韜 null null 張海軍 null null 王德欣 null null 李龍飛 null 賈志楊 null null 徐秀蘭 nullnull nullnull北京市農(nóng)林科學(xué)院蔬菜研究所 北京 nullnullnullnullnullnullnull nullnull中國科學(xué)院微生物研究所 北京 nullnullnullnullnullnullnull nullnull北京市農(nóng)林科學(xué)院植物保護(hù)研究所 北京 nullnullnullnullnullnullnull nullnull京研益農(nóng) 北京 種業(yè)科技有限公司 北京 nullnullnullnullnullnullnull 摘要 null 調(diào)查發(fā)現(xiàn)北京地區(qū)一溫室栽培茄子 nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 出現(xiàn)嚴(yán)重病毒病 利用基于小 nullnullnull的高通量測 序技術(shù)和 nullnull nullnullnullnull 方法 明確了引起茄子病害的病毒種類為番茄斑萎病毒 將其命名為 nullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull 分離物 進(jìn)一步克隆了該病毒的基因組全長 null nullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull 并構(gòu)建其系統(tǒng)發(fā)育樹 結(jié)果表明 該分離物的 null nullnullnull與美國分離物親緣關(guān)系較近 nullnullnullnullnull與中國分離物親緣關(guān)系較近 而 nullnullnullnullnull與韓國分離物親緣關(guān)系較近 因此 本研究發(fā)現(xiàn)的 nullnullnullnull分離物與國內(nèi)已發(fā)生報道的分離物不同 該分離物是否存在不同分離物之間基因組的 重組需要進(jìn)一步研究 關(guān)鍵詞 null 番茄斑萎病毒 null 茄子 null 高通量測序 中圖分類號 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 文獻(xiàn)標(biāo)識碼 nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull null null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnull null nullnull null null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnull null nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnull null nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnull null nullnullnullnullnull nullnull null nullnullnullnullnullnullnull null null null nullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnull null nullnullnullnullnull nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null null null nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull 茄子 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 屬茄科 nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull 是我國重要的蔬菜作物 在全國各地區(qū)均有種 植 也是我國北方設(shè)施栽培的主要蔬菜之一 null 近 來 茄子病毒病發(fā)生嚴(yán)重 多種病毒可侵染茄子 null 如番茄褪綠病毒 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnull 可 引起茄子葉片出現(xiàn)褪綠黃化癥狀 null 煙草輕型綠花 葉病毒 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull 和 番茄斑駁花葉病毒 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnull nullnull 共同侵染引起茄子花瓣深紫色斑駁癥狀 null 番茄 斑 萎 病 毒 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull卷第 null期 田文等 北京地區(qū)侵染茄子的番茄斑萎病毒分子鑒定與分析 nullnullnullnull 屬于番茄斑萎病毒科 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 正番茄 斑萎 病 毒 屬 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 基 因 組 由 null 條 單 鏈 nullnullnull 組成 包含 nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnull 其中 nullnullnullnullnull 的互補(bǔ)鏈編碼 依賴于 nullnullnull 的 nullnullnull 聚合酶 nullnullnullnull nullnullnullnullnull 編碼 非結(jié)構(gòu)蛋白 nullnullnull 其互補(bǔ)鏈編碼兩個重要的糖蛋白 nullnull 和 nullnull nullnullnullnullnull 編碼非結(jié)構(gòu)蛋白 nullnullnull 其互補(bǔ)鏈 編碼核衣殼蛋白 null null 其中 核衣殼蛋白 null 的氨基 酸序列是正番茄斑萎病毒屬的重要分類依據(jù) 通常 氨基酸同源性在 nullnullnull 以上為同種病毒 nullnullnull nullnullnullnull 寄主范圍廣泛 可侵染 nullnullnullnullnull 多種植物 null 是危害農(nóng) 業(yè)生產(chǎn)的一種全球性重要病毒 也是世界十大嚴(yán)重 危害性植物病毒之一 null 近幾年 北京地區(qū)番茄斑萎病毒發(fā)生嚴(yán)重 在番 茄 nullnull 辣椒 nullnullnullnullnull 萵苣 nullnull 水芹 nullnull 以及菊花 nullnull 上均 有發(fā)生 nullnullnullnull 年 北京市海淀區(qū)一溫室內(nèi)的茄子上 出現(xiàn)疑似病毒侵染癥狀 本研究利用基于小 nullnullnull 的高通量測序技術(shù)以及 nullnullnullnullnullnull 方法鑒定了危害茄 子的病毒種類 并進(jìn)一步對該病毒的基因組序列進(jìn)行 了分析 本研究為有效防控茄子病害提供理論基礎(chǔ) nullnull 材料與方法 nullnullnullnull 試驗材料 nullnullnullnull 年 從北京海淀區(qū)一溫室大棚采集了 null 份 疑似感染病毒的茄子樣品 拍照后保存于 nullnullnullnull 冰 箱備用 陽性對照樣本由北京市農(nóng)林科學(xué)院蔬菜研 究所實驗室保存 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 購自英濰捷基 上海 貿(mào)易有限 公司 一步法 nullnullnullnullnullnull 試劑盒 nullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnull nullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnull 和 nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnull 購自南京諾唯贊生物科技股份有 限公司 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 購于寶日醫(yī)生物技術(shù) 北京 有限公 司 瓊脂糖凝膠快速回收試劑盒購于天根生化科技 北京 有限公司 nullnullnullnull 高通量測序與小 nullnullnull 分析 利用 nullnullnullnullnullnull 法對所采集的 null 份茄子病樣進(jìn)行植 物總 nullnullnull 提取 利用 nullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnull 紫外分光 光度計 賽默飛世爾科技公司 測定 nullnullnull 濃度 并 選取 null 個濃度較高的 nullnullnull 樣品混合后作為一個模 板 委托華大基因進(jìn)行文庫構(gòu)建和高通量測序 測 序平臺為 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnull 將測序數(shù)據(jù) nullnullnull nullnullnullnull 經(jīng)過過濾 組裝所獲得的 nullnullnullnullnullnullnull 與 nullnullnullnull 數(shù)據(jù) 庫進(jìn)行比對分析 短序列采用 nullnullnullnullnullnull 軟件 nullnullnullnullnull 值 設(shè)為 nullnull nullnull 進(jìn)行組裝拼接 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 檢測 以提取的葉片總 nullnullnull 為模板 利用 nullnullnullnull 特 異性檢測引物 采用 nullnullnullnullnullnullnullnull null null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnull 對所采集的樣品進(jìn)行 nullnullnullnullnullnull 檢測 具體引物信息見表 null 表 null null 番茄斑萎病毒的引物信息 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 引物名稱 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 基因 nullnullnullnull 序列 nullnull nullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnull 長度 null null nullnullnullnullnullnull 參考文獻(xiàn) nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull 本研究 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnull 全長克隆及測序 以茄子樣品的總 nullnullnull 為模板 根據(jù)小 nullnullnull 測 序拼接得到的病毒核苷酸序列設(shè)計 nullnullnullnull 引物 利 用 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull null nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull 對 nullnullnullnull 的 nullnullnullnullnull nullnullnullnullnull 和 nullnullnullnullnull 進(jìn)行擴(kuò)增 具體引物信息見表 null 其中 nullnullnullnullnull 采用 nullnullnull nullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 進(jìn)行全長擴(kuò)增 nullnullnullnullnull 采用 null 對引物分段進(jìn)行擴(kuò)增 分別為 nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 和 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnull 同樣也采用 null 對引物分段進(jìn)行擴(kuò)增 分別 為 nullnullnullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 和 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull null nullnullnullnullnullnullnullnull 擴(kuò)增后進(jìn)行序列拼接 擴(kuò)增產(chǎn)物用 瓊脂糖凝膠快速回收試劑盒純化 并克隆至載體 nullnullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 上 轉(zhuǎn)化至感受態(tài)細(xì)胞 nullnullnullnullnull nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull 南京諾唯贊生物科技股份有限 公司 中 將菌液 nullnullnull 鑒定為陽性的樣品送至北京 六合華大基因科技股份有限公司進(jìn)行測序 nullnullnullnull 序列分析 利用 nullnullnullnullnullnullnullnull 軟件對序列進(jìn)行分析和拼 接 利用 nullnullnullnullnull 進(jìn)行同源序列檢索 采用 nullnullnullnullnullnullnull null 算法進(jìn)行多序列比對 并利用 nullnullnullnullnullnullnullnull 軟件基 于鄰接法 nullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnullnull nullnull 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 nullnullnullnullnullnullnullnullnull 值設(shè)為 nullnullnullnullnull nullnull 結(jié)果與分析 nullnullnullnull 田間病株癥狀以及高通量測序結(jié)果 nullnullnullnull 年 null 月 在北京海淀區(qū)的一個溫室內(nèi)發(fā)現(xiàn) 很多茄子植株出現(xiàn)矮化癥狀 葉片上伴隨著褪綠 斑 駁和花葉等癥狀 且一些發(fā)病植株的茄子果實表面 凹凸不平 圖 nullnull 隨機(jī)采集發(fā)病的茄子植株 null 份 帶回實驗室進(jìn)行檢測 通過高通量測序后 獲