分子植物育種 2022年 第20卷 第1期 第24 30頁(yè) Molecular Plant Breeding 2022 Vol 20 No 1 24 30 研究報(bào)告 Research Report 洋桔梗 Eustoma grandiflorum 干旱脅迫轉(zhuǎn)錄組初步分析 安霞 1 朱強(qiáng) 1 樓旭平 2 李魯峰 2 陳杰 3 柳婷婷 1 李文略 1 駱霞虹 1 朱關(guān)林 1 余利雋 1 1浙江省蕭山棉麻研究所 浙江省園林植物與花卉研究所 杭州 311251 2杭州市蕭山區(qū)農(nóng)業(yè)科學(xué)技術(shù)研究所 杭州 311202 3華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 植物科學(xué)技術(shù)學(xué)院 武漢 430070 通信作者 anxia 摘 要 洋桔梗 Eustoma grandiflorum 是一種原產(chǎn)于北美的重要觀賞植物 到目前為止 關(guān)于洋桔梗的基礎(chǔ) 分子研究報(bào)道相對(duì)較少 特別是響應(yīng)干旱脅迫的分子機(jī)制相關(guān)研究 本試驗(yàn)利用轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序技術(shù)對(duì)干旱 脅迫下的洋桔梗幼苗進(jìn)行了研究 結(jié)果表明 該轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)具有良好的質(zhì)量控制結(jié)果 為了在此基礎(chǔ)上 獲得基因信息 利用Trinity和Corset等軟件將序列進(jìn)行了拼接 共得到102 014條非冗余基因 其中包含 2 929條編碼基因 經(jīng)分析發(fā)現(xiàn)分屬于79個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族 對(duì)所有基因進(jìn)行注釋 發(fā)現(xiàn)比對(duì)相似度最高的物 種是中果咖啡 最后 對(duì)基因序列進(jìn)行簡(jiǎn)單序列重復(fù) simple sequence repeat SSR 分析 獲得了所有非冗余基 因以及轉(zhuǎn)錄因子編碼基因所包含的SSR信息 本研究結(jié)果可為后續(xù)針對(duì)洋桔梗響應(yīng)干旱脅迫的相關(guān)研究提 供候選分子資源 關(guān)鍵詞 洋桔梗 Eustoma grandiflorum 干旱脅迫 轉(zhuǎn)錄組 Transcriptome Profiling of Lisianthus Eustoma grandiflorum under Drought Stress An Xia 1 Zhu Qiang 1 Lou Xuping 2 Li Lufeng 2 Chen Jie 3 Liu Tingting 1 Li Wenlue 1 Luo Xiahong 1 Zhu Guanlin 1 Yu Lijun 1 1 Zhejiang Institute of Landscape Plants and Flowers Zhejiang Xiaoshan Institute of Cotton and Bast Fiber Crops Research Hangzhou 311251 2 Hangzhou Xiaoshan District Agricultural Science and Technology Research Institute Hangzhou 311202 3 College of Plant Science Drought stress Transcriptome 洋桔梗 Eustoma grandiflorum 別名草原龍膽 原 產(chǎn)北美地區(qū) 是龍膽科 Gentianaceae 多年生草本植 物 洋桔梗是重要的觀賞植物 其花器官形態(tài)漂亮并 且瓶插壽命長(zhǎng) 已經(jīng)成為國(guó)際上越來(lái)越重要的鮮切 花之一 洋桔梗對(duì)栽培環(huán)境十分敏感 而國(guó)內(nèi)栽培設(shè) 施及技術(shù)相對(duì)不足 對(duì)洋桔梗生長(zhǎng)發(fā)育過程中的相 關(guān)分子機(jī)理進(jìn)行研究 有助于為洋桔梗栽培新技術(shù) 開發(fā)提供理論支持 植物在響應(yīng)干旱脅迫的過程中涉及一些功能基 因和調(diào)節(jié)基因的差異表達(dá) 形成了一套復(fù)雜的信號(hào) 調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 從而影響植物體內(nèi)一系列的生理生化反 應(yīng) An et al 2015 2016 2018 干旱能夠影響洋桔梗 花莖伸長(zhǎng) 但是關(guān)于洋桔梗如何響應(yīng)干旱脅迫的相 關(guān)研究鮮有報(bào)道 本研究通過對(duì)干旱脅迫處理下的洋 桔梗植株進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 共獲得6 43 Gb高質(zhì)量測(cè) 序數(shù)據(jù) 對(duì)該測(cè)序結(jié)果進(jìn)行拼接 獲得了102 014條 基因 對(duì)所獲得的基因進(jìn)行注釋 發(fā)現(xiàn)和現(xiàn)有其他研 究基礎(chǔ)較好的物種之間親緣關(guān)系都較遠(yuǎn) 因此 本研 究不僅能為后續(xù)針對(duì)洋桔梗的相關(guān)研究提供大量分 子資源 還能為龍膽科其他物種高通量測(cè)序研究提 供借鑒 1結(jié)果與分析 1 1轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)獲得 處理與拼接 首先對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行嚴(yán)格的質(zhì)量控制 主要去除接頭以及低質(zhì)量序列信息 總共獲得高質(zhì) 量測(cè)序數(shù)據(jù) Clean reads 6 43 Gb 然后采用Trinity軟 件 Grabherr et al 2011 對(duì)獲得的高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn) 行拼接 共得到 132 929 條轉(zhuǎn)錄本 Transcripts 隨 后 使用軟件Corset對(duì)獲得的高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行 分析 將所有Reads與轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行比對(duì)并進(jìn)行層次 聚類 得到102 014個(gè)非冗余基因 Unigenes 這些 轉(zhuǎn)錄本和基因在序列長(zhǎng)度方面具有相似的分布規(guī)律 圖1A 圖1B 且轉(zhuǎn)錄本與非冗余基因之間的數(shù)量 差異主要體現(xiàn)在較短序列 1 000 bp 范圍內(nèi) 轉(zhuǎn)錄本與非冗余基因數(shù)目沒 有顯著差別 1 2基因注釋和功能分類 為了更科學(xué)系統(tǒng)地分析轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的序列 所涉及的基因功能信息 對(duì)拼接得到的102 014條 基因 分別采用不同的公共數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)獲得的基因進(jìn) 行注釋 表1 其中有79 94 的基因至少在一個(gè)數(shù)據(jù) 庫(kù)中有注釋結(jié)果 而來(lái)源于NR數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋結(jié)果 最多 占所有基因的76 52 選取基因在NR NT PFAM GO和 KOG五個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋結(jié)果進(jìn)行分 析 結(jié)果表明 特異在NR數(shù)據(jù)庫(kù)中得到注釋信息的 基因數(shù)有13 035條 遠(yuǎn)遠(yuǎn)多于NT數(shù)據(jù)庫(kù)中特異注 釋的741條基因和KOG數(shù)據(jù)庫(kù)中特異注釋的8條 基因 在PFAM和GO數(shù)據(jù)庫(kù)中沒有特異注釋的基 因 圖2A 因此 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)在NR數(shù)據(jù)庫(kù)中的注釋 信息更全面 進(jìn)一步分析NR數(shù)據(jù)庫(kù)注釋結(jié)果 有接 近一半 47 3 的序列與目標(biāo)序列具有較高的相似 度 超過 80 圖 2B 且大量序列 占比 60 3 的 比對(duì)結(jié)果e值小于1e 60 圖2C 這些序列的物種 注釋結(jié)果中 比對(duì)到最多的物種為中果咖啡 Coffea canephora 占比 39 7 并且有更大比例的序列 44 1 比對(duì)到其他 Other 物種 圖2D 在KOG數(shù) 據(jù)庫(kù)分類中 有25個(gè)KOG類別被不同數(shù)量基因所 注釋 共包含28 696條基因 其中被注釋基因最多 的兩個(gè)類別是O 翻譯后修飾 蛋白開關(guān)和分子伴侶 3 519 條基因 和 R 總體功能預(yù)測(cè) 3 421 條基因 圖3 該結(jié)果與黃麻干旱脅迫轉(zhuǎn)錄組結(jié)果類似 從 代謝角度來(lái)看 這些基因被更多富集在 遺傳信息處 理 大類中的 翻譯 代謝 大類中的 碳水化合物 代謝 和 遺傳信息處理 中的 折疊 排列和降解 等 三個(gè)代謝條目中 圖4 由于轉(zhuǎn)錄因子往往處于基因 表達(dá)通路的上游 能夠調(diào)控下游一系列基因表達(dá)從 而在更大程度上影響洋桔梗響應(yīng)干旱脅迫的程度 與之對(duì)應(yīng) 本研究的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果中共有2 929條 基因可能編碼轉(zhuǎn)錄因子 這些轉(zhuǎn)錄因子屬于79個(gè)不 同的轉(zhuǎn)錄因子家族 圖5 在這些轉(zhuǎn)錄因子家族中 包含預(yù)測(cè)基因數(shù)目最多的三個(gè)家族分別是bHLH家 族 256 條基因 MYB related 家族 216 條基因 和 bZIP家族 191條基因 1 3分子標(biāo)記開發(fā) 通過對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序所獲得的序列進(jìn)行簡(jiǎn)單重復(fù)序 列 simplesequencerepeat SSR 分析 共在21329條基 因序列 占所有基因序列的20 91 中發(fā)現(xiàn)了25468個(gè) 洋桔梗 Eustoma grandiflorum 干旱脅迫轉(zhuǎn)錄組初步分析 Transcriptome Profiling of Lisianthus Eustoma grandiflorum under Drought Stress 25 分子植物育種 Molecular Plant Breeding SSR 這些SSR序列主要包括單堿基至六堿基不同 程度的重復(fù) 以及復(fù)雜重復(fù)序列 除了二堿基重復(fù)以 外 SSR重復(fù)序列平均總長(zhǎng)度隨著重復(fù)單位的復(fù)雜 性增加而遞增 其中復(fù)雜重復(fù)單元的重復(fù)序列長(zhǎng)度 最長(zhǎng) 圖6A 在編碼轉(zhuǎn)錄因子的2 929條基因中 有 833條序列 占比28 44 具有不同的SSR 這些SSR 序列總長(zhǎng)度也具有前述類似規(guī)律 圖6B 分析SSR 可能位于基因的不同位置 表明對(duì)于所有基因來(lái)說 超過一半 51 46 的重復(fù)序列可能橫跨相鄰的兩個(gè) 基因結(jié)構(gòu) 5 非翻譯區(qū) utr5 編碼區(qū) cds 3 非翻譯區(qū) utr3 而位于編碼區(qū)的SSR所占比例最少 圖6C 對(duì) 于轉(zhuǎn)錄因子編碼基因來(lái)說 橫跨兩個(gè)基因結(jié)構(gòu)的 圖1轉(zhuǎn)錄組序列長(zhǎng)度分布 注 A 轉(zhuǎn)錄本序列長(zhǎng)度分布 B 基因長(zhǎng)度分布 C 轉(zhuǎn)錄本和基因長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì) Figure 1 Length distribution from transcriptomic data Note A Length distribution of transcripts B Length distribution of Unigenes C Statistical results of transcripts and Unigenes 圖2轉(zhuǎn)錄組注釋信息 注 A 轉(zhuǎn)錄組結(jié)果比對(duì)到不同數(shù)據(jù)庫(kù)的基因數(shù)目 B NR數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)結(jié)果序列相似度分布 C NR數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)結(jié)果e值分布 D NR數(shù)據(jù)庫(kù)注釋比對(duì)到最多的物種 Figure 2 Annotation information of transcriptome Note A Numbers of unigenes annotated by different databases B Distribution of sequence similarities against the NR database C Distribution of e values against the NR database D The most annotated species from NR database 數(shù)據(jù)庫(kù) Databases 基因數(shù)目 Number of genes 百分比 Percentage NR 78 070 76 52 NT 50 844 49 84 KO 34 057 33 38 SwissProt 60 288 59 09 PFAM 55 628 54 52 GO 55 628 54 52 KOG 25 389 24 88 表1不同數(shù)據(jù)庫(kù)中基因注釋成功率統(tǒng)計(jì) Table 1 Statistical numbers on successfully annotated genes against different databases 26 洋桔梗 Eustoma grandiflorum 干旱脅迫轉(zhuǎn)錄組初步分析 Transcriptome Profiling of Lisianthus Eustoma grandiflorum under Drought Stress 圖3轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的KOG分類 注 A RNA加工與修飾 C 能量產(chǎn)生和轉(zhuǎn)換 B 染色質(zhì)結(jié)構(gòu)與動(dòng)力學(xué) E 氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝 D 細(xì)胞周期控制 細(xì)胞分裂 染色 體分割 G 碳水化合物運(yùn)輸和代謝 F 核苷酸轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝 I 脂質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝 H 輔酶轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝 K 轉(zhuǎn)錄 J 翻譯 核糖體結(jié) 構(gòu)和生物合成 M 細(xì)胞壁 膜 包膜生物發(fā)生 L 復(fù)制 重組和修復(fù) O 翻譯后修飾 蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)換和分子伴侶 N 細(xì)胞運(yùn)動(dòng) Q 次 生代謝產(chǎn)物合成 運(yùn)輸和分解代謝 P 無(wú)機(jī)離子轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝 S 功能未知 R 一般功能預(yù)測(cè) U 細(xì)胞內(nèi)運(yùn)輸 分泌和囊泡運(yùn)輸 T 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制 W 細(xì)胞外結(jié)構(gòu) V 防御機(jī)制 Y 核結(jié)構(gòu) Z 細(xì)胞骨架 Figure 3 The KOG classification of transcriptome data Note A RNA processing and modification C Energy production and conversion B Chromatin structure and dynamics E Amino acid transport and metabolism D Cell cycle control cell division chromosome partitioning G Carbohydrate transport and metabolism F Nucleotide transport and metabolism I Lipid transport and metabolism H Coenzyme transport and metabolism K Transcription J Translation ribosomal structure and biogenesis M Cell wall membrane envelope biogenesis L Replication recombination and re pair O Posttranslational modification protein turnover chaperones N Cell motility Q Secondary metabolites biosynthesis transport and catabolism P Inorganic ion transport and metabolism S Function unknown R Generall function prediction only U Intracellular traflicking secretion and vesicular transport T Signal transduction mechanlisms W Extracellular structures V Defense mechanisms Y Nuclear structure Z Cytoskeleton 圖4轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的KEGG分類 注 A 有機(jī)系統(tǒng) B 代謝 C 遺傳信息處理 D 環(huán)境信息處理 E 細(xì)胞進(jìn)程 1 環(huán)境適應(yīng) 2 概觀 3 核苷酸代謝 4 萜類和聚酮 類物質(zhì)的代謝 5 其他氨基酸的代謝 6 輔助因子和維生素的代謝 7 類脂化合物代謝 8 糖聚糖的生物合成和代謝 9 能量代 謝 10 碳水化合物代謝 11 碳水化合物代謝 12 氨基酸代謝 13 翻譯 14 轉(zhuǎn)錄 15 重組和修復(fù) 16 折疊 分類和降解 17 信 號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo) 18 膜轉(zhuǎn)運(yùn) 19 轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝 Figure 4 The KEGG classification of transcriptome data Note A Organismal systems B Metabolism C Genetic information processing D Environmental information processing E Cellu lar processes 1 Environmental adaptation 2 Overview 3 Nucleotide metabolism 4 Metabolism of terpenoids and polyketides 5 Metabolism of other amino acids 6 Metabolism of cofactors and vitamins 7 Lipid metabolism 8 Glycan biosynthesis and metabolism 9 Energy metabolism 10 Carbohydratc metabolism 11 Biosynthesis of other secondary metabolites 12 Amino acid metabolism 13 Translation 14 Transcription 15 Replication and repair 16 Folding sorting and degradation 17 Signal transduc tion 18 Membrane transport 19 Transport and catabolism 27 分子植物育種 Molecular Plant Breeding SSR大幅度減少 27 25 而位于編碼區(qū)的重復(fù)序列 所占比例最少 圖6C 后續(xù)可以通過開發(fā)這些SSR 的特異引物 對(duì)特定基因或者轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行針對(duì)性 更強(qiáng)的檢測(cè)和研究 2討論 洋桔梗是重要的觀賞植物 然而 針對(duì)該物種的 分子生物學(xué)研究基礎(chǔ)較欠缺 到目前為止 僅在早期 構(gòu)建過一個(gè)針對(duì)鹽脅迫的差減文庫(kù) 王繼剛等 2008 鑒定了可能的差異性表達(dá)基因 然而 差減文庫(kù)的通 量一般較低 和現(xiàn)行高通量測(cè)序相比 遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足 研究的需求 在分子資源開發(fā)方面 也僅有早期針對(duì) 花期進(jìn)行的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 Kawabata et al 2012 在該 項(xiàng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中 所得到的 63 401 條 Contig僅有 65 在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中得到了比對(duì)結(jié)果 小于本研究 中的76 52 表1 說明隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和拼 接方法的成熟 本次測(cè)序結(jié)果的序列注釋情況得到 了提高 然而 可能是由于與洋桔梗近源的物種分子 研究基礎(chǔ)均較薄弱 本次轉(zhuǎn)錄組注釋結(jié)果 比對(duì)到最 高比例的物種 圖2D 是茜草科 Rubiaceae 的中果咖 啡 Coffea canephora 茜草科和龍膽科同屬龍膽目 因此該中果咖啡可能是和洋桔梗親緣關(guān)系最近的有 一定分子研究資源的物種 除此之外 洋桔梗轉(zhuǎn)錄組 序列的比對(duì)結(jié)果零散地分布在其他物種上 圖2D 有研究曾對(duì)洋桔梗 MADS家族基因進(jìn)行鑒定 Ishimori and Kawabata 2014 和功能研究 Li et al 圖5不同轉(zhuǎn)錄因子家族數(shù)目 Figure 5 Numbers of transcription factors from different families 圖6簡(jiǎn)單序列重復(fù) SSR 信息統(tǒng)計(jì) 注 A 轉(zhuǎn)錄組中SSR序列長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì) B 轉(zhuǎn)錄因子Unigene中SSR序列長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì) C SSR位于不同基因功能區(qū)域統(tǒng)計(jì) p1 p6 單堿基重復(fù)序列至六堿基重復(fù)序列 c 復(fù)雜重復(fù)單元 這些SSR可能位于基因的5 非翻譯區(qū) utr5 編碼區(qū) cds 3 非翻譯區(qū) utr3 或者未知位置 undetermined Figure 6 Statistical on simple sequence repeats SSR Note A Sequence lengths distribution of SSRs amongst the whole transcriptome data B Sequence lengths distribution of SSRs from transcription factor coding genes C Location of SSRs on varied districts of Unigenes p1 p6 The mononucleotides to hexanucleotides SSR units c Complex units These SSRs may locate on the 5 untranslated regions utr5 3 untranslated regions utr3 coding se quences cds or currently unknown positions undetermined 28 2015 然而 在沒有轉(zhuǎn)錄組或者基因組等高通量測(cè) 序結(jié)果的支持下 進(jìn)行基因功能研究 或者基因家族 鑒定往往顯得更加困難 Nakano et al 2011 本研究 對(duì)洋桔梗在干旱脅迫下進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序并對(duì)測(cè)序 數(shù)據(jù)進(jìn)行初步分析 相關(guān)研究結(jié)果為后期研究洋桔 梗響應(yīng)干旱脅迫處理的分子機(jī)理提供相應(yīng)數(shù)據(jù)支 撐 與此同時(shí) 也有研究者完成了洋桔梗質(zhì)體組測(cè)序 Yan et al 2019 相關(guān)分子資源為通過質(zhì)體遺傳信 息調(diào)節(jié)花形態(tài)等農(nóng)藝性狀 Jin and Daniell 2015 提供 了相應(yīng)基礎(chǔ) 該質(zhì)體組測(cè)序結(jié)果 Yan et al 2019 與 龍膽科其他物種對(duì)應(yīng)測(cè)序結(jié)果序列比對(duì)顯示 洋桔 梗與這些物種親緣關(guān)系都更遠(yuǎn) 該結(jié)果從側(cè)面印證 了本次轉(zhuǎn)錄組測(cè)序注釋結(jié)果中 比對(duì)到最多的物種 是龍膽目茜草科下的中果咖啡 占39 7 而其余大 部分序列信息均零散地比對(duì)到其他物種中 圖2D 本次轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果將為后續(xù)研究 如鑒定挖掘干 旱響應(yīng)相關(guān)基因或者干旱脅迫相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子提供 分子數(shù)據(jù) 3材料與方法 3 1試驗(yàn)材料 洋桔梗 Eustoma grandiflorum 品種 雪萊 在市 場(chǎng)上購(gòu)買 植株長(zhǎng)至8 cm左右 對(duì)其進(jìn)行干旱脅迫 處理 處理36 h后 使用液氮取全株植物樣品 用于 總RNA提取 3 2總RNA提取及文庫(kù)構(gòu)建 樣品在用于RNA提取之前一直保存于 80 超低溫冰箱內(nèi) 將樣品取出并在液氮環(huán)境下充分研 磨成粉末 使用天根公司的RNA提取試劑盒完成總 RNA提取并用于構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組文庫(kù) 3 3測(cè)序數(shù)據(jù)處理及轉(zhuǎn)錄本拼接 樣品上機(jī)測(cè)序得到的直接數(shù)據(jù)為原始讀數(shù) Raw reads 需要進(jìn)行質(zhì)量控制 去除不確定堿基測(cè)序結(jié) 果和由于包含大于 10 的接頭從而導(dǎo)致質(zhì)量不佳 的測(cè)序信息等 余下讀數(shù)即為高質(zhì)量測(cè)序信息 對(duì)高 質(zhì)量測(cè)序信息的處理方式主要為序列拼接 Grabherr et al 2011 和層次聚類 所得到的基因信息即為非 冗余基因 3 4基因功能注釋和分類 對(duì)得到的非冗余基因與四個(gè)序列數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比 對(duì)以進(jìn)行注釋 3 5轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè) 在對(duì)非冗余基因序列進(jìn)行注釋的同時(shí) 使用在 線工具 http planttfdb gao lab org prediction php 對(duì)這 些基因信息可能編碼產(chǎn)物進(jìn)行預(yù)測(cè) 若編碼轉(zhuǎn)錄因 子則對(duì)其進(jìn)行分類 3 6 SSR分析 在基因的堿基序列層面 存在一些規(guī)律明確的 序列特征 這些序列往往以簡(jiǎn)單的序列單元 單個(gè)到 多個(gè)堿基 甚至復(fù)雜堿基單元 為基礎(chǔ) 重復(fù)出現(xiàn)多 次 成為簡(jiǎn)單序列重復(fù) SSR 對(duì)于這些SSR使用在 線工具 http pgrc ipk gatersleben de misa misa html 進(jìn)行預(yù)測(cè) 對(duì)于單堿基單元重復(fù)十次及以上 以二堿 基為單元重復(fù)六次及以上 以及三堿基至六堿基為 重復(fù)單位重復(fù)五次及以上的SSR均包含在統(tǒng)計(jì)范圍 內(nèi) 而復(fù)雜重復(fù)序列中如果包含以上所列不同的重 復(fù)單元 則每個(gè)重復(fù)單元分別滿足上述要求 作者貢獻(xiàn) 安霞是本研究的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)者和實(shí)驗(yàn)研究的執(zhí)行 人 完成數(shù)據(jù)分析 論文初稿的寫作 朱強(qiáng) 樓旭平 李魯峰 陳杰 柳婷婷 李文略 駱霞虹 朱關(guān)林和余 利雋是實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)參與者 安霞是項(xiàng)目的構(gòu)思者及負(fù) 責(zé)人 指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì) 數(shù)據(jù)分析 論文寫作與修改 全 體作者都閱讀并同意最終的文本 致謝 本研究由省科技特派員項(xiàng)目 梯田景區(qū)農(nóng)家樂景 觀提升示范與休閑產(chǎn)品創(chuàng)意 資助 參考文獻(xiàn) An X Chen J Zhang J Y Liao Y W Dai L J Wang B Liu L J and Peng D X 2015 Transcriptome profiling and iden tification of transcription factors in ramie Boehmeria nivea L Gaud in response to PEG treatment using illumina paired end sequencing technology Int J Mol Sci 16 2 3493 3511 An X Jin G R Zhang J Y Luo X H Chen C L Li W L Ma G Y Jin L Dai L J Shi X H Wei W and Zhu G 2018 Protein responses in kenaf plants exposed to drought condi tions determined using iTRAQ technology FEBS Open Bio 8 10 1572 1583 An X Zhang J Y Dai L J Deng G Liao Y W Liu L J Wang B and Peng D X 2016 Isobaric tags for relative and abso 洋桔梗 Eustoma grandiflorum 干旱脅迫轉(zhuǎn)錄組初步分析 Transcriptome Profiling of Lisianthus Eustoma grandiflorum under Drought Stress 29 分子植物育種 Molecular Plant Breeding lute quantitation iTRAQ based comparative proteome anal ysis of the response of ramie under drought stress Int J Mol Sci 17 10 1607 Grabherr M G Haas B J Yassour M Levin J Z Thompson D A Amit I Adiconis X Fan L Raychowdhury R Zeng Q Chen Z Mauceli E Hacohen N Gnirke A Rhind N Pal ma F D Birren B W Chad N Lindblad Toh K Friedman N and Regev A 2011 Trinity reconstructing a full length transcriptome without a genome from RNA Seq data Nat Biotechnol 29 7 644 652 Ishimori M and Kawabata S 2014 Conservation and diversifi cation of floral homeotic MADS box genes in Eustoma grandiflorum J Japan Soc Hort Sci 83 2 172 180 JinS X andDaniellH 2015 Theengineeredchloroplast genome just got smarter Trends Plant Sci 20 10 622 640 Kawabata S Li Y and Miyamoto K 2012 EST sequencing and microarray analysis of the floral transcriptome of Eu stoma grandiflorum Sci Hortic 144 230 235 Li K H Chuang T H Hou C J and Yang C H 2015 Function al analysis of the FT homolog from Eustoma grandiflorum reveals its role in regulating A and C functional MADS box genes to control floral transition and flower formation Plant Mol Biol Rep 33 4 770 782 Nakano Y Kawashima H Kinoshita T Yoshikawa H and Hi samatsu T 2011 Characterization of FLC SOC1 and FT homologs in Eustoma grandiflorum effects of vernalization and post vernalization conditions on flowering and gene ex pression Physiol Plant 141 4 383 393 Wang J G Zhang K Xu Q J and Li Y H 2008 Construction and analysis of Eustoma grandiflorum subtracted cDNA li brary Yuanyi Xuebao Acta Horticulturae Sinica 35 7 1075 1080 王繼剛 張坤 徐啟江 李玉花 2008 草原龍 膽鹽脅迫差減文庫(kù)的構(gòu)建及分析 園藝學(xué)報(bào) 35 7 1075 1080 Yan J Y Cao Q Wu Z S Chen S F Wang J L Zhou D W and Xie J X 2019 Complete plastome sequence of Eu stoma grandiflorum Gentianaceae a popular cut flower Mitochondrial DNA Part B 4 2 3163 3164 30