Botanical Research 植 物學(xué) 研究 2020 9 1 25 30 Published Online January 2020 in Hans http www hanspub org journal br https doi org 10 12677 br 2020 91003 文 章引用 周蔣毅 周倩 植物 轉(zhuǎn)錄因子研究方法 J 植物學(xué) 研究 2020 9 1 25 30 DOI 10 12677 br 2020 91003 Research Method of Transcription Factors in Plant Jiangyi Zhou Qian Zhou College of Chemistry and Life Sciences Zhejiang Normal University Jinhua Zhejiang Received Nov 20 th 2019 accepted Dec 23 rd 2019 published Dec 30 th 2019 Abstract Plant transcription factors regulate the expression of vast downstream genes and play an important role in the regulation of plant growth and development as well as its response to environment With the development of transcription factors in model plants and crops the research methods of transcription factors are also being innovated We describe the research methods of plant tran scription factors from two aspects protein protein interaction and target gene protein interaction so as to provide a reference method for the related research of plant transcription factors Pro tein protein interaction methods include yeast two hybrid system fluorescence resonance ener gy transfer bimolecular fluorescence complementation pull down and co immunoprecipitation methods for target gene protein interaction include yeast one hybrid system chromatin immu noprecipitation electrophoretic mobility shift assay and luciferase reporter assay Keywords Plant Transcription Factor Transcription Control Protein Protein Interaction Target Gene Protein Interaction 植物轉(zhuǎn)錄因子研究方法 周蔣毅 周 倩 浙江師范 大學(xué)化 學(xué)與生 命科 學(xué)學(xué)院 浙江 金華 收稿日期 2019年11 月20 日 錄用日 期 2019年12月23日 發(fā)布 日期 2019 年12月30日 摘 要 植物轉(zhuǎn)錄因 子可以 調(diào)控眾 多 下游基因的 表達(dá) 在植物 的 生長(zhǎng)發(fā)育 響應(yīng)外 界環(huán)境 刺 激等方面起 著重要 的周蔣毅 周倩 DOI 10 12677 br 2020 91003 26 植物學(xué)研究 調(diào)控作用 隨著轉(zhuǎn) 錄因子 在 模式植物和 作物中 基因轉(zhuǎn) 錄 調(diào)控的研究 不斷深 入 轉(zhuǎn) 錄 因子研究方 法也在 持 續(xù)創(chuàng)新 我們主 要從蛋 白質(zhì) 與蛋白質(zhì) 互作和 靶基因 與蛋 白質(zhì)互作 這2個(gè)方面 闡述植 物轉(zhuǎn)錄因 子研究 方法 為植物轉(zhuǎn)錄 因子的 相關(guān)研 究 提供參考方 法 蛋 白質(zhì)與 蛋 白質(zhì)互作的 方法主 要有 酵 母雙雜交系 統(tǒng) 熒 光 共振能量轉(zhuǎn) 移技術(shù) 雙分 子 熒光互補(bǔ)技 術(shù) 下 拉實(shí)驗(yàn) 和 免疫共沉淀 技術(shù) 靶基因 與 蛋白質(zhì)互作 的方法 主 要有 酵 母單雜 交系統(tǒng) 染 色質(zhì)免疫 沉淀技 術(shù) 凝 膠電 泳遷移技 術(shù)和熒 光素酶 報(bào)告 系統(tǒng) 關(guān) 鍵詞 植物轉(zhuǎn)錄 因子 轉(zhuǎn)錄調(diào) 控 蛋白質(zhì)與 蛋白質(zhì) 互作 靶基 因與蛋白 質(zhì)互作 Copyright 2020 by author s and Hans Publishers Inc This work is licensed under the Creative Commons Attribution International License CC BY http creativecommons org licenses by 4 0 1 引言 轉(zhuǎn)錄因子 Transcription Factor TF 也稱反式作用 因子 其 可直接或 間接與 基因啟 動(dòng)子 區(qū)域中順 式作用 元件特 異性結(jié) 合 對(duì)基因 轉(zhuǎn) 錄進(jìn)行 調(diào)控的 蛋白 質(zhì) 1 其 主要功 能是激 活或 抑制基 因 的轉(zhuǎn)錄 效應(yīng) 典型的 轉(zhuǎn)錄因子一般具有 4 個(gè)功能結(jié)構(gòu)域 即 DNA 結(jié)合結(jié)構(gòu)域 DNA Binding Domain 轉(zhuǎn)錄調(diào)控結(jié)構(gòu)域 Transcription Regulation Domain 核 定位信 號(hào)區(qū) Nuclear Location Signal 和寡聚 化位 點(diǎn)區(qū) Oligomerization Site DNA 結(jié) 合結(jié)構(gòu) 域特異 性結(jié)合順 式作用 元件 轉(zhuǎn)錄 調(diào)控結(jié)構(gòu) 域激活 或抑制 靶基 因表達(dá) 核定位 信號(hào) 區(qū) 是轉(zhuǎn)錄因 子中富 含精氨酸和 賴氨酸殘 基的核 定位區(qū)域 轉(zhuǎn)錄因子 進(jìn)人細(xì) 胞核的 過程 受該區(qū)段 控制 寡 聚化位點(diǎn) 區(qū)是不 同轉(zhuǎn)錄 因子 借以發(fā)生 相互作 用的功 能域 這些結(jié) 構(gòu)域共 同調(diào)節(jié) 靶基 因的轉(zhuǎn)錄 起始 1 2 轉(zhuǎn)錄因子 在植物 的生長(zhǎng) 發(fā)育 及對(duì)外界 環(huán)境刺 激等方 面發(fā) 揮著重要 的調(diào)控 作用 從 1987 年 Paz AerS 首 次報(bào)道玉 米轉(zhuǎn)錄 因子基因的 克隆以來 相繼 從高等植物 中分離出 的調(diào)控 干旱 高鹽 低溫 激素 病 原反應(yīng)及 生長(zhǎng)發(fā) 育等相 關(guān)基 因表達(dá)的 轉(zhuǎn)錄因 子已達(dá) 數(shù)百 種 3 植物中約 有 58 個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家 族 4 其中 有 6 個(gè) 轉(zhuǎn)錄因 子家族 據(jù)研究 報(bào)道參與 了生物 和非生 物脅 迫反應(yīng) 如 AP2 ERF APETALA2 乙 烯響應(yīng) 因子 bHLH 基礎(chǔ) 螺旋 環(huán) 螺旋 MYB 與成髓細(xì)胞 相關(guān) NAC 無頂 端分生 組織 NAM 擬南芥轉(zhuǎn) 錄激 活 因子 ATAF1 2 杯狀 子葉 CUC2 WRKY 和 bZIP 堿性亮氨酸 拉鏈 5 6 隨著轉(zhuǎn)錄 因子在 模式植 物和 作物中基 因轉(zhuǎn)錄 調(diào)控的 研究 不斷深入 轉(zhuǎn)錄因 子研究 方 法也在持 續(xù)創(chuàng)新 我們主要 從蛋白 質(zhì)與蛋 白質(zhì) 互作和靶 基因與 蛋白質(zhì) 互作 這 2 個(gè)方面闡述 植物轉(zhuǎn) 錄因 子研究方 法 2 蛋 白質(zhì) 與蛋 白質(zhì)互作 2 1 酵母雙雜交系統(tǒng) 酵母雙雜 交系統(tǒng) Yeast two hybrid system Y2H 于 1989 年首次開 發(fā) 徹底 改變了 尋 找和鑒定 互作蛋 白 的過程 7 該系 統(tǒng)根據(jù) 酵 母 GAL4 轉(zhuǎn) 錄因子 的特性 由 DNA 結(jié)合 結(jié)構(gòu)域 Binding Domain BD 和轉(zhuǎn)錄激 活結(jié)構(gòu)域 Activation Domain AD 組 成 DNA 結(jié)合結(jié) 構(gòu)域 由 GAL4 N 端 1 147 位氨基酸殘基組 成 轉(zhuǎn) 錄激 活結(jié)構(gòu)域 由 C 端 768 881 位氨基酸殘 基組成 8 這 兩個(gè) 結(jié)構(gòu)域之 間由大 的結(jié)構(gòu) 區(qū)域 隔開 獨(dú) 立且功 能穩(wěn) 定 一般情 況下 單獨(dú) 的 BD 結(jié)合 DNA 上 游激活 序列 Upstream Activating Sequence UAS 但 不引起 轉(zhuǎn)錄 單獨(dú)的 AD 不 能與 UAS 結(jié) 合 只有當(dāng) 兩個(gè)相 互作用 的 蛋白質(zhì)分 別與 BD 和 AD 融 合時(shí) 它們 的相互 作用 產(chǎn)生嵌合 型轉(zhuǎn)錄 因子從 而引 起啟動(dòng)子 下游基 因的轉(zhuǎn) 錄 Open Access周蔣毅 周倩 DOI 10 12677 br 2020 91003 27 植物學(xué)研究 依據(jù)此特 性 將編碼 已知蛋 白 誘餌蛋白 Bait 的基 因 構(gòu)建到含 有 BD 序列的 載體 上 在 酵母中 表達(dá) 產(chǎn)生融合 蛋白 BD Bait 將 編碼未知 蛋白 獵物 蛋白 Prey 的基因 構(gòu)建到 含有 AD 序列的載 體上 在酵母 中表達(dá)產(chǎn) 生融合 蛋 白 AD Prey 當(dāng) BD Bait 與 AD Prey 在酵母核 中相互 作用時(shí) DNA BD 和 AD 接 近以 恢復(fù)功能 性 GAL4 轉(zhuǎn)錄激 活 因子 前 者與報(bào) 告基因 如 lacZ ADE2 HIS3 和 MEL1 的 UAS 結(jié)合 從而 啟動(dòng)報(bào) 告基因 的表 達(dá) 8 因 此可以 通過判 斷酵 母克隆 能 否在與 報(bào)告基 因?qū)?應(yīng)的營 養(yǎng) 缺陷型 培養(yǎng)基 上生長(zhǎng) 來證明兩 個(gè)蛋白 是否存 在相 互作用 與其它的 研究蛋 白質(zhì)相 互作 用的方法 相比 假 陰性 假 陽性以及 互作蛋 白的強(qiáng) 制性 核定位是 Y2H 的 局限 當(dāng)然 Y2H 有其獨(dú) 特 的優(yōu)點(diǎn) 首 先 Y2H 不僅 可 以檢測(cè)穩(wěn) 定的相 互作用 蛋白 還可以檢 測(cè)弱而 短暫 的蛋白相 互作用 9 第 二 由 于 Y2H 是在酵 母細(xì)胞 核 內(nèi)進(jìn)行的 因此檢 測(cè)的蛋 白 質(zhì)可能以 天然構(gòu) 象存在 8 第三 Y2H 是對(duì) 生化方 法 如免疫共 沉淀和 質(zhì)譜分 析 的補(bǔ)充 9 10 近年來 Y2H 得到了很大 的改進(jìn) 不僅可以 應(yīng)用于 蛋白質(zhì) DNA 相 互作用 11 和酵母 三雜 交 12 還可以用 于膜蛋 白 DNA 結(jié)合蛋 白和 RNA 結(jié)合蛋白 的相互 作用研 究 13 2 2 熒光共振能量轉(zhuǎn)移技術(shù) 高 端共聚 焦顯微 鏡和熒 光蛋白 的發(fā)展 促進(jìn)了 亞細(xì)胞 尺度的 蛋白質(zhì) 分析 熒 光共振能 量轉(zhuǎn) 移 Fluorescence Resonance Energy Transfer FRET 是 指處 于激 發(fā)態(tài)的供 體熒 光蛋白 將能量 以非 輻射 的方 式轉(zhuǎn)移 到附近 的 受體分子 14 發(fā) 生 FRET 必須有三 個(gè)先決 條件 1 供體發(fā)射 和受體 吸收的 光譜 重疊區(qū)域 必須有 有效的 能量轉(zhuǎn)移 2 熒光 基團(tuán)之 間 的距離必 須小于 10 nm 3 熒光基團(tuán) 的雙極 取向必 須以 理想的平 行方式 對(duì)齊 雖然 FRET 常用于蛋 白質(zhì)相 互作用 但其實(shí) 際上是 通過 理論計(jì)算 來檢測(cè) 15 有很多方 法可以 檢測(cè)到 FRET 每種方法都各 有好處 和 缺陷 目 前有三 種最常 用的 技術(shù) 1 敏化發(fā) 射測(cè)量 FRET SE 2 受體光漂白 FRET AB 3 熒光 壽命成像 FRET FLIM 敏化發(fā)射 測(cè)量 FRET SE 主 要用于動(dòng) 態(tài)檢測(cè) 活細(xì)胞 中的 FRET 效率 16 FRET SE 的限制在 于每次實(shí) 驗(yàn)需要利 用至少 3 個(gè) 對(duì)照樣 本對(duì)光學(xué) 檢測(cè)系 統(tǒng)以及 熒光 基團(tuán)的光 學(xué)性質(zhì) 進(jìn)行事 先校 正 一旦 校正完 成 后續(xù)實(shí)驗(yàn) 不能再 改變?nèi)?何系 統(tǒng)參數(shù) 且每次 實(shí)驗(yàn)都 要重 新校正 這極大 地增加 了實(shí) 驗(yàn)的工作 量和難 度 受體光漂 白 FRET AB 通過 檢測(cè)光漂 白受體 漂白前 后供 體的熒光 強(qiáng)度來 獲得 FRET 效率 17 這是一 種直接的 方法 不需要 高端 顯微鏡 也不受 光譜影 響 可以自己 控制樣 品 熒光壽命成像顯微術(shù) FRET FLIM 主要通過測(cè) 量受體存 在和不存在時(shí)的供體 分子的 熒光壽命來確定 FRET 效率 18 這是一種 不受光譜 供體 或受體 濃度 差異 激 發(fā)強(qiáng)度 變化和 光漂 白影響的 技術(shù) 19 其 限制因素 主要是 系統(tǒng)價(jià) 格昂 貴 而且 需要熟 練的操 作人 員進(jìn)行操 作 2 3 雙分子熒光互補(bǔ)技術(shù) 雙分子熒 光互補(bǔ) 技術(shù) Bimolecular Fluorescence Complementation BiFC 最初 從大腸 桿 菌發(fā)展而 來 后 來廣泛適 用于哺 乳動(dòng)物 和植 物系統(tǒng) 20 其原 理是將 熒光 蛋白在合 適的位 點(diǎn)切開 形成 不發(fā)熒光的 N 端和 C 端片段 這 2 個(gè)片段 借助融 合于其上 的目標(biāo) 蛋白的 相互 作用 彼 此靠近 重新形 成具 有活性的 熒光蛋 白 并在該熒 光蛋白 的激發(fā) 光激 發(fā)下發(fā)射 熒光 盡管 BiFC 被廣泛應(yīng) 用 但 它受到 兩個(gè) 主要限制 1 估計(jì)半 衰期為 10 年的分 裂熒光 蛋 白片段的 不可逆 互補(bǔ)排 除了 相互作用 動(dòng)力學(xué) 的分析 2 大多數(shù)分裂 片段可 以 不受阻礙 地自發(fā) 重新組 裝 這些缺陷 增加了 假陽性 的可 能 2 4 Pull down 和免疫共沉淀技術(shù) Pull down 技術(shù)主 要在體 外 驗(yàn)證兩種 蛋白之 間是否 存在 直接的相 互作用 主 要有兩 種常用的 pull down 方法 一 種是用 谷胱甘 肽巰 基轉(zhuǎn)移酶 Glutathione s Transferase GST 標(biāo)簽 GST tag 的親和純 化柱進(jìn) 行的 周蔣毅 周倩 DOI 10 12677 br 2020 91003 28 植物學(xué)研究 稱為 GST pull down 一種 是用帶組 氨酸 Histidine His 標(biāo)簽 His tag 的親和 純化柱 進(jìn)行的 稱為 His pull down 21 以 GST pull down 為例 首先是 獲得帶 有 GST 標(biāo)簽的融合蛋白 然后將 帶有 GST 標(biāo)簽的融合 蛋 白親和到 谷胱甘 肽層析柱上 接著將 與融合 蛋白發(fā)生相 互作用的 蛋白被 親和到 谷胱 甘肽層析 柱上 最 后切掉標(biāo) 簽 洗 脫得到 相互 作用的蛋 白 免疫共沉 淀技術(shù) Co Immunoprecipitation Co IP 以抗體和 抗原之間 的專一 性結(jié)合 作用 為基礎(chǔ) 用 于檢 測(cè) 和確定生 理?xiàng)l件 下蛋白質(zhì)之 間的相互 作用 其基本原理 是將細(xì)胞 在非變 性條件 下裂 解 在細(xì) 胞裂解 液 中 加入特異 性的抗 體 這樣抗 體可以和 已知的 抗原形成抗 原 抗體 復(fù)合物 如果 在系 統(tǒng)中存在 與已知 抗 原 相互作用 的蛋白 質(zhì) 該蛋白 質(zhì)也會(huì)以 復(fù)合物 的形式沉淀 下來 經(jīng) 過洗脫 就可以 得到 與已知抗 原相互 作 用的蛋白 質(zhì) 然 后進(jìn)行 SDS PAGE 及 Western blotting 分析 22 該技術(shù)研 究的相 互作用的 蛋白質(zhì) 都是經(jīng) 翻 譯后修飾 的處于 天然狀態(tài)的 因此可 避免人 為的影響 同時(shí)可分 離得到 天然狀 態(tài)的 相互作用 蛋白復(fù) 合 物 但 Co IP 難 以檢測(cè) 到 弱或瞬時(shí) 相互作 用 此 外 多個(gè)相互 作用蛋 白質(zhì)復(fù) 合物 的存在也 可引 起 Co IP 中的相互 作用 3 靶 基因 與蛋 白質(zhì)互作 3 1 酵母單雜交系統(tǒng) 酵母單雜 交系統(tǒng) Yeast one hybrid system Y1H 由酵 母雙 雜交系統(tǒng) 發(fā)展而 來 是 一種 在酵母細(xì) 胞內(nèi)分 析與鑒定 轉(zhuǎn)錄因 子和 DNA 順式作用 元件相 互結(jié)合 的有 效方法 12 依據(jù)此原理 構(gòu) 建目的基 因與轉(zhuǎn) 錄激活 結(jié) 構(gòu)域融合 的載體 將順式作 用元件和 報(bào)告基 因分別連在 啟動(dòng)子的 上游和 下游 轉(zhuǎn)錄 激活域融 合蛋白 與 特異的 DNA 序列結(jié) 合激活 啟動(dòng)子下 游報(bào)告 基因表 達(dá) 因此可以 通過判 斷酵母 克隆 能否在與 報(bào)告基 因?qū)?yīng) 的營養(yǎng)缺 陷型培 養(yǎng)基上 生長(zhǎng) 來證明目 的蛋白 能否與 DNA 序 列結(jié)合 由于酵 母單雜 交系統(tǒng)常 常受所 用報(bào)告 基 因的影響 較高 的假陽性一 直是該技 術(shù)的 瓶頸 問題 此外 在酵母 單雜交 系統(tǒng) 中 假陰 性一直 被 忽 略 如某 些外源 基因的蛋白 表達(dá)產(chǎn)物 可能對(duì) 酵母本身有 毒性作用 影響 酵母細(xì) 胞的 生長(zhǎng)和表 型 而這 其中可能 就包含 著與靶 DNA 序 列相互 作用的 蛋白 3 2 染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù) 染色質(zhì)免 疫沉淀 技術(shù) Chromatin Immunoprecipitation ChIP 是一種利用抗原 抗體 反應(yīng) 的特異性 在染 色質(zhì)水平 上真實(shí) 反映體 內(nèi)基 因組 DNA 與 蛋白質(zhì) 結(jié)合情 況的轉(zhuǎn)錄 調(diào)控技 術(shù) 其原 理 是在生理 條件下 把細(xì)胞 內(nèi)的 DNA 與 蛋白質(zhì) 交聯(lián)在 一起 通過 超聲波 將染色 質(zhì) 隨機(jī)切成 小片段 利用抗 原 抗體的特 異性識(shí) 別反應(yīng) 將與目的 蛋白結(jié) 合的 DNA 沉淀下來 檢測(cè) 目的片段 得 到蛋白質(zhì) 與 DNA 相 互作用 信息 23 Chip 實(shí)驗(yàn) 涉 及眾多的 實(shí)驗(yàn)步 驟 包 括細(xì) 胞固定 染色質(zhì) 斷裂 染色 質(zhì)免疫沉 淀 解 交聯(lián) DNA 的純 化以 及 DNA 的 鑒定 而 且結(jié)果 的重復(fù) 性較 低 因此 對(duì) Chip 實(shí)驗(yàn)過 程 的每一步 都應(yīng)設(shè) 計(jì)相應(yīng) 的對(duì) 照 近年來發(fā) 展起來的 Chip seq 技術(shù)將染色質(zhì) 免疫沉 淀技 術(shù) Chip 與芯片技 術(shù)和第 二 代測(cè)序技 術(shù) seq 相 結(jié)合 用 來進(jìn)行 靶基因 的高 通量篩選 為研 究目的 蛋白 與整個(gè)基 因組相 互作用 提供 了可能 3 3 凝膠電泳遷移技術(shù) 凝膠電泳 遷移技 術(shù) Electrophoretic Mobility Shift Assay EMSA 又稱為 電泳遷 移率改 變分析技 術(shù)和凝 膠阻滯實(shí) 驗(yàn) 這是一 種利用 探針體外 分析 DNA 與蛋白 質(zhì)相互作 用的凝 膠電泳 技術(shù) 24 其原理是蛋白 質(zhì) 和 DNA 結(jié)合 后增 加了 相 對(duì)分子 質(zhì)量 在 非變性 聚丙 烯酰胺 凝膠 電泳 中 DNA 蛋白質(zhì) 復(fù)合 物與 單一的 DNA 片段 相比 前者遷 移 速度明顯 較慢 具體方 法是 將含有假 定蛋白 質(zhì)結(jié)合 位點(diǎn) 的已標(biāo)記 DNA 片段 與 純化蛋白 進(jìn)行孵 育 然 后將 反應(yīng)產(chǎn)物 進(jìn)行非 變性聚 丙烯 酰胺凝膠 電泳分 析 傳統(tǒng)的 32P 標(biāo)記探針的凝 膠周蔣毅 周倩 DOI 10 12677 br 2020 91003 29 植物學(xué)研究 阻滯實(shí)驗(yàn) 具有很 高的靈敏度 但會(huì)接 觸到危 險(xiǎn)性的放射 性同位素 且不容 易定量 分析 即使現(xiàn) 在有很 多 研究報(bào)道 利用非 放射性 標(biāo)記 的凝膠阻 滯實(shí)驗(yàn) 但非 放射 性標(biāo)記探 針的凝 膠阻滯 試劑 盒的費(fèi)用 很高 3 4 熒光素酶報(bào)告系統(tǒng) 熒光素酶 報(bào)告系 統(tǒng) Luciferase reporter assay 指的 是以熒 光素為底 物來檢 測(cè)熒光 素酶 活性的檢 測(cè)系統(tǒng) 25 熒光素酶是一種 廣泛 使用的報(bào) 告基因 其可 以催 化熒光素 氧化成 氧化熒 光素 在熒光 素氧化 的過程 中 會(huì)發(fā)出 生物熒 光 bioluminescence 熒光 素和熒 光素 酶這一發(fā) 光系統(tǒng) 具有極 高的 靈敏性 熒 光素酶 不 僅可以作 為一種 報(bào)告基 因進(jìn) 行檢測(cè)分 析 還可 以用于 化 學(xué)污染物 的監(jiān)測(cè) 與分析 此 外還可以 用于 RNA 干 擾的研究 蛋白 質(zhì)之間 作用 的研究及 微生物 檢測(cè)等 應(yīng) 用前景十 分廣闊 26 4 結(jié)論 轉(zhuǎn) 錄調(diào)控在 擬南芥 水稻等模 式植物和 作物中的 研究越來 越多 轉(zhuǎn) 錄調(diào)控技 術(shù)的應(yīng)用 有助于更 好 地 闡 明植物內(nèi) 部的轉(zhuǎn) 錄調(diào)控機(jī)制 在這篇 綜述中 我們從蛋 白質(zhì)與蛋 白質(zhì)互 作和靶 基因 與蛋白質(zhì) 互作 這 2 個(gè)方面總 結(jié)了植 物轉(zhuǎn)錄 因子 主要分析 方法 以期為 植物 轉(zhuǎn)錄因子 的相關(guān) 研究提 供參 考方法 參考 文獻(xiàn) 1 劉強(qiáng) 張貴友 陳受宜 植物轉(zhuǎn) 錄因子的結(jié)構(gòu)與調(diào)控作用 J 科學(xué)通報(bào) 2000 45 14 1465 1474 2 Liu L White M J and MacRae T H 1999 Transcription Factors and Their Genes in Higher Plants European Journal of Biochemistry 262 247 257 https doi org 10 1046 j 1432 1327 1999 00349 x 3 Paz Ares J Ghosal D Wienand U et al 1987 The Regulatory c1 Locus of Zea mays Encodes a Protein with Homology to Myb Proto Oncogene Products and with Structural Similarities to Transcriptional Activators The EMBO Journal 6 3553 3558 https doi org 10 1002 j 1460 2075 1987 tb02684 x 4 Jin J Tian F Yang D C et al 2017 Plant TFDB 4 0 Toward a Central Hub for Transcription Factors and Regu latory Interactions in Plants Nucleic Acids Research 45 1040 1045 https doi org 10 1093 nar gkw982 5 Singh K Foley R C and Onate Sanchez L 2002 Transcription Factors in Plant Defense and Stress Responses Current Opinion in Plant Biology 5 430 436 https doi org 10 1016 S1369 5266 02 00289 3 6 Seo E Choi D and Choi 2015 Functional Studies of Transcription Factors Involved in Plant Defenses in the Ge nomics Era Briefings in Functional Genomics 14 260 267 https doi org 10 1093 bfgp elv011 7 Fields S and Song O 1989 A Novel Genetic System to Detect Protein Protein Interactions Nature 340 245 246 https doi org 10 1038 340245a0 8 Cowell I G 1997 Yeast Two Hybrid Library Screening Methods in Molecular Biology 69 185 202 https doi org 10 1385 0 89603 383 X 185 9 Stasi M De Luca M and Bucci C 2015 Two Hybrid Based Systems Powerful Tools for Investigation of Mem brane Traffic Machineries Journal of Biotechnology 202 105 117 https doi org 10 1016 j jbiotec 2014 12 007 10 Chien C T Bartel P L Sternglanz R and Fields S 1991 The Two Hybrid System A Method to Identify and Clone Genes for Proteins That Interact with a Protein of Interest Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 88 9578 9582 https doi org 10 1073 pnas 88 21 9578 11 Reece Hoyes J S Barutcu A R McCord R P et al 2011 Yeast One Hybrid Assays for Gene Centered Human Gene Regulatory Network Mapping Nature Methods 8 1050 1052 https doi org 10 1038 nmeth 1764 12 Reece Hoyes J S and Marian Walhout A J 2012 Yeast One Hybrid Assays A Historical and Technical Perspective Methods 57 441 447 https doi org 10 1016 j ymeth 2012 07 027 13 Petschnigg J Groisman B Kotlyar M et al 2014 The Mammalian Membrane Two Hybrid Assay MaMTH for Probing Membrane Protein Interactions in Human Cells Nature Methods 11 585 592 https doi org 10 1038 nmeth 2895 14 Bajar B T Wang E S Zhang S et al 2016 A Guide to Fluorescent Protein FRET Pairs Sensors Basel Switzer land 16 pii E1488 https doi org 10 3390 s16091488 15 Breusegem S Y Levi M and Barry N P 2006 Fluorescence Correlation Spectroscopy and Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy Nephron Experimental Nephrology 103 41 49 https doi org 10 1159 000090615 周蔣毅 周倩 DOI 10 12677 br 2020 91003 30 植物學(xué)研究 16 Kenworthy A K and Edidin M 1998 Distribution of a Glycosylphosphatidylinositol Anchored Protein at the Apical Surface of MDCK Cells Examined at a Resolution of 100 A Using Imaging Fluorescence Resonance Energy Trans fer The Journal of Cell Biology 142 69 84 https doi org 10 1083 jcb 142 1 69 17 Zal T and Gascoigne N R 2004 Photobleaching Corrected FRET Efficiency Imaging of Live Cells Biophysical Journal 86 3923 3939 https doi org 10 1529 biophysj 103 022087 18 Zadran S Standley S Wong K et al 2012 Fluorescence Resonance Energy Transfer FRET Based Biosensors Visualizing Cellular Dynamics and Bioenergetics Applied microbiology and Biotechnology 96 895 902 https doi org 10 1007 s00253 012 4449 6 19 Bucherl C A Bader A Westphal A H et al 2014 FRET FLIM Applications in Plant Systems Protoplasma 251 383 394 https doi org 10 1007 s00709 013 0595 7 20 Miller K E Kim Y Huh W K and Park H O 2015 Bimolecular Fluorescence Complementation BiFC Analysis Advances and Recent Applications for Genome Wide Interaction Studies Journal of Molecular Biology 427 2039 2055 https doi org 10 1016 j jmb 2015 03 005 21 Schafer F Seip N Maertens B et al 2015 Purification of GST Tagged Proteins Methods in Enzymology 559 127 139 https doi org 10 1016 bs mie 2014 11 005 22 Lin J S and Lai E M 2017 Protein Protein Interactions Co Immunoprecipitation Methods in Molecular Biology 1615 211 219 https doi org 10 1007 978 1 4939 7033 9 17 23 Mundade R Ozer H G Wei H et al 2014 Role of ChIP seq in the Discovery of Transcription Factor Binding Sites Differential Gene Regulation Mechanism Epigenetic Marks and Beyond Cell Cycle Georgetown Tex 13 2847 2852 https doi org 10 4161 15384101 2014 949201 24 Bannister A J and Kouzarides T 1992 Basic Peptides Enhance Protein DNA Interaction in Vitro Nucleic Acids Research 20 3523 https doi org 10 1093 nar 20 13 3523 25 Gould S J and Subramani S 1988 Firefly Luciferase as a Tool in Molecular and Cell Biology Analytical Biochemi stry 175 5 13 https doi org 10 1016 0003 2697 88 90353 3 26 耿德玉 原媛 郭華榮 雙熒光 素酶報(bào)告基因系統(tǒng)的應(yīng)用研究進(jìn)展 J 科技資訊 2012 21 1